Пиксель собирает аудиторию, которая увидела медийную рекламу, а не посетителей сайта. В этом главное отличие от счетчика Метрики. Встраивается он не на страницу, а в сам рекламный материал при показе. Фиксировать показ рекламного материала конкретному анонимному пользователю - задача пикселя Яндекс Аудиторий. Он собирает только тех, кто увидел материал с пикселем внутри, и ничего не знает о том, что человек делал дальше - заходил на сайт, листал каталог, оформлял заказ. Поведение на сайте остается зоной Яндекс Метрики, пиксель ее не заменяет и не дублирует...