Автор статьи добавил рабочее дерево (worktree) к репозиторию, чтобы попробовать ветку рядом с основной копией, выполнил в нём git submodule update --init, потому что сборке требовались зависимости из сабмодулей, а затем попытался удалить это дерево командой git worktree remove, и git отказал. Согласно man-странице, удалять без флага --force можно только «чистые» рабочие деревья, а «нечистые или те, что содержат сабмодули» требуют --force; сабмодули вынесены в этой формулировке отдельным пунктом, не как часть «грязного» состояния...