Фильм рассказывает о шестнадцатилетнем Джейкобе, который все свое детство провел, слушая рассказы дедушки о приюте для необычных детишек, среди которых были: девочка, умевшая держать в руках открытое пламя; еще одна девочка, чьи ноги никогда не касались земли; близнецы, умевшие разговаривать, не произнося при этом ни слова. После смерти дедушки парень получает письмо, написанное им незадолго до кончины, и отправляется к нему домой в Уэльс. Там он и находит то, что осталось от сиротского приюта мисс Перегрин...