Главный герой, Джейкоб Портман, обычный подросток, который с детства слушал истории своего деда о таинственном приюте на острове в Уэльсе, где жили дети с необычными способностями. После трагической смерти деда Джейкоб обнаруживает странные подсказки, которые приводят его на остров, где он находит Дом странных детей мисс Перегрин. Здесь Джейкоб знакомится с детьми с уникальными способностями: один может создавать огонь, другой управлять насекомыми, есть невидимая девочка и другие. Он постепенно узнаёт о силе, которую дети используют, чтобы защитить себя от временных чудовищ, охотящихся на них...