Раньше, в те времена, когда знаний о внутреннем строении вещества было маловато, никаких различий между молекулами не замечали. Молекула была молекулой, в понимании мельчайшей частицы вещества. Но сейчас уже есть хорошее понимание того, что дело в общем-то обстоит не совсем так...

Молекула - это группировка взаимосвязанных атомов различных химических элементов. То есть атомы при сближении должны каким-то образом друг с другом связаться. Первый способ - это ионная связь. Подробнее о нем Вы можете прочитать в статье "Что такое молекула. Просто о сложном". Второй способ образования молекул из атомов состоит в следующем: при сближении нескольких атомов отдельные электроны, находящиеся на внешней электронной оболочке, престают принадлежать какому-то одному атому, а становятся общими (обменными) для двух атомов...