В Московском зоопарке работает Центр реабилитации рукокрылых.

Для начала - зачем это? Осенью многие летучие мыши, особенно молодёжь, делают ошибки в выборе места для зимовки. Они могут попытаться обустроиться как в месте, где температура зимой не опустится до низких плюсовых значений (например, в квартире или подъезде), так и там, где температура будет отрицательной - например, на балконе. В первом случае мышь не сможет заснуть и погибнет от голода, во втором - от холода. При определённом стечении обстоятельств обнаруженную в неподходящем месте мышь вполне можно просто отправить обратно на улицу - искать себе новое зимовье...