Второй закон Ньютона. МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры. Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель...

Одной из задач в области биовычислений является обеспечение эффективного использования и взаимодействия широкого спектра быстро развивающихся вычислительных методов для моделирования, анализа и понимания сложных свойств и взаимодействий молекулярных систем. Ученые разработали ряд вычислительных инструментов, таких как поверхности молекул, феноменологические потенциалы, различные программы стыковки и визуализации. Количество доступных программ для расчета молекулярных свойств и моделирования молекулярных...