Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...

В далеком 1984 году два молодых художника, Кевин Истмен и Питер Лэрд, придумали и нарисовали четырех симпатичных и неустрашимых борцов со злом. Живут непобедимые герои в канализации под Манхэттеном, а наставляет их на путь истинный мудрый сэнсэй...