Позднее пытался предать гласности информацию о новочеркасской трагедии, рассылая о ней письма советским писателям и комитетам ВЛКСМ ряда высших учебных заведений. Всего им было отправлено шесть писем. По другим утверждениям писем было значительно больше. В июне 1966 года генерал-лейтенант танковых войск М. К. Шапошников уволен был в запас. В январе 1967 года — исключён из КПСС. 26 августа 1967 года управлением КГБ по Ростовской области было возбуждено уголовное дело по обвинению М. К. Шапошникова в антисоветской пропаганде (статья 70 Уголовного кодекса РСФСР), основанием для которого стали изъятые у него при обыске черновики писем и проект письма-воззвания по поводу новочеркасского расстрела. Через несколько месяцев, 23 декабря 1967 года, уголовное дело было прекращено ввиду фронтовых заслуг генерала и его деятельного раскаяния. Реабилитирован в 1988 году, восстановлен в КПСС 6 декабря 1988 год. Жил в Ростове-на-Дону. Скончался 25 июня 1994 года. Похоронен на Северном кладбище Ростова-на-Дону. На надгробии надпись: «У каждого есть своя война и свой Новочеркасск, но не каждый выходит из них как…» (ниже ФИО супругов Шапошниковых).
2 года назад