11,8 тыс подписчиков
В МГУ смоделировали взаимодействие ключевого регуляторного белка с ДНК
#наука_мгу
Коллектив ученых Междисциплинарной научно-образовательной школы МГУ «Молекулярные технологии живых систем и синтетическая биология» выяснил, как белок-регулятор SOX2 выбирает позиции для связывания с геномной ДНК, упакованной в нуклеосомы — ключевые структурные элементы хроматина. С помощью численного моделирования исследователи проанализировали все возможные варианты взаимодействия фактора с ДНК и показали, что различия, наблюдавшиеся в экспериментах последних лет, связаны с подвижностью нуклеосомы и особенностями ее локальной структуры.
Если нуклеосома строго фиксирована на ДНК, SOX2 может стабильно связываться лишь в ограниченном числе позиций. В случае более подвижных, «лабильных» нуклеосом фактор способен взаимодействовать с ДНК в значительно большем количестве вариантов, что объясняет широкий спектр сайтов связывания, выявленных ранее в экспериментах in vitro. Таким образом, способность нуклеосомы смещаться вдоль ДНК напрямую определяет ее доступность для пионерных транскрипционных факторов.
Выбор сайтов связывания определяется не только свойствами самого белка, но и геометрией нуклеосомной ДНК и строгостью ее позиционирования. Полученные результаты формируют карту потенциальной доступности нуклеосом для SOX2 и открывают новые возможности для понимания механизмов клеточного перепрограммирования.
1 минута
2 дня назад