Когда великий де Валетт убедил европейских правителей выделить деньги на строительство нового города, первым делом были начаты проектные работы. Рыцари учли печальный опыт Великой Осады, когда тяжёлая артиллерия турецких галер крошила в пыль крепостные стены. Было строжайше приказано под каждым домом выдолбить в толще скалы подземную часть, чтобы в случае новых катаклизмов можно было уйти вниз и там спастись. Между отдельными резервуарами для воды и шахтами, пригодными для жизни, были проложены связующие тоннели, чтобы появилась возможность попасть из одной точки в любую другую, не выходя на поверхность.