110 подписчиков
Смешение современных популяций человека перераспределяет архаичные аллели
Так, в популяциях Северной и Южной Америки доля африканского предкового компонента отрицательно коррелирует с числом архаичных аллелей, а доля коренного американского компонента — положительно
Также обнаружили ряд архаичных аллелей в американских популяциях, которые могли быть поддержаны отбором из-за их адаптивной ценности
Геномные исследования показали множественные события смешения линий современных людей с архаичными линиями — неандертальцами и денисовцами
Однако распределение полученных в результате этих смешений архаичных аллелей исследовалось почти исключительно на чистых современных популяциях
Между тем в эпоху глобализации современные популяции человека все активнее взаимодействуют и перемешиваются
Авторы провели анализ однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) на основе данных, полученных в рамках проекта 1000 Genomes
Первичный анализ продемонстрировал наибольший уровень общего генетического разнообразия в популяциях Африки и популяциях с большой примесью африканской линии, а именно в популяциях Северной и Южной Америк
В последних был повышен не просто уровень генетического разнообразия (количества SNP), а наблюдался разброс числа SNP внутри популяции
Наибольшим количество архаичных аллелей оказалось в популяциях Восточной и Южной Азии, наименьшим — в европейских популяциях
При этом количество «денисовских» аллелей во всех популяциях было на порядок меньше числа «неандертальских»
Для анализа влияния современного смешения популяций на распределение архаичных аллелей авторы выбрали население американских континентов — колумбийцев, мексиканцев, перуанцев и пуэрториканцев
В этих популяциях недавно происходило смешение коренных американских народов с европейцами и африканцами
Число архаичных аллелей у индивида из этих популяций положительно коррелировало с долей коренного американского предкового компонента и отрицательно — с долей африканского компонента
Это соответствует данным о том, что африканские популяции почти не смешивались с неандертальцами и денисовцами
Доля европейского компонента положительно коррелирует с числом архаичных аллелей в пуэрториканских и колумбийских популяциях и отрицательно в перуанских и мексиканских
Вероятнее всего, это связано с разницей в доле коренного американского компонента между этими народами
Описали распределение неандертальских и денисовских аллелей в разных популяциях, а также выявили пять геномных регионов, которые содержат архаичные аллели, характерные для коренного населения Американских континентов
Наконец, описали адаптивные архаичные аллели в популяциях коренного американского населения
Находится ли конкретный аллель под действием отбора, определяли сравнением его частот в нескольких близкородственных американских популяциях с частотой в популяциях Восточной Азии, использованных в качестве «предковых»
Среди этих генов были в том числе FARP2, регулирующий формирование цитоскелета; транскрипционный фактор PAX3, важный для развития организма, в том числе для формирования глаза, уха и черт лица; CNTNAP2 влияет на клеточные рецепторы в нервной системе и развитие нервной системы, и MYOCD — на функцию сердца
Каждый из генов был идентифицирован как часть области, содержащей несколько генов, которые также могли вносить вклад в сигнал положительного отбора
Идентифицирован ряд аллелей, интрогрессия которых из древних геномов в геномы людей современного типа могла быть адаптивной
Дальнейшее изучение этих аллелей может способствовать лучшему пониманию эволюционных процессов, таких как время смешения и сила отбора
Kelsey E Witt et al. The Impact of Modern Admixture on Archaic Human Ancestry in Human Populations // Genome Biology and Evolution, Volume 15, Issue 5, May 2023, evad066, published online April 27, 2023. DOI: 10.1093/gbe/evad066
https://pcr.
3 минуты
24 мая 2024