Активную литературную деятельность Шишков начал в 1913 году. После переезда в Петроград в 1915 году Сибирь и особенно Алтай остаются одной из основных тем его творчества. В 1916 году выходит первый сборник рассказов «Сибирский сказ». Вершиной сибирской прозы Шишкова стали романы «Ватага» и «Угрюм-река». Последние 7 лет жизни работал над исторической эпопеей «Емельян Пугачёв». В 1941 году Шишков находится в блокадном Ленинграде, пишет статьи для фронтовых газет, издает первый том «…Пугачева», оставшегося незаконченым. Особое восхищение читателей вызывает этнографическая языковая чуткость писателя.