Со словом «фляжка» произошла когда-то та же история, что и с «зонтиком». В русский язык слово пришло из польского (где оно выглядело как «flaszka»). Долгое время используя его, носители русского языка увидели в нём закономерный уменьшительный суффикс -/к/-, как в слове «ножка» (от «нога»). И по такой же модели вывели слово «фляга», которое этимологически младше «фляжки»