Учреждение может оплачивать штрафы за счёт остатка субсидии, если задание выполнено. Так как возвращать остаток такой субсидии в бюджет не нужно. Это следует из письма Минфина России от 06.02.2020 № 02-07-10/7764. Используйте это как аргумент, если КСП решит признать подобные операции в вашей организации неэффективными расходами.