Конечно, система должна соответствовать виду деятельности компании, а разрабатывать ее будут руководители при участии первого лица. Я считаю, что разработку лучше начинать с общих для всей компании понятий и принципов, которые затем декомпозировать и проецировать до каждого рабочего места. Рекомендую двигаться именно так: от определений к принципам и далее к правилам, поддерживающим, при необходимости, эти принципы. Хорошо сформулированный принцип заменяет множество избыточных инструкций.