Нацисты обнаружили Анну и других членов ее семьи и друзей, в общей сложности восемь человек, в Амстердаме 4 августа 1944 года. До этого они успешно скрывались почти два года в тайном укрытии в складском помещении на берегу канала. Всех их депортировали в концлагеря; 15-летняя Анна с сестрой Марго погибли в лагере Берген-Бельзен в начале 1945 года.