Госветслужбой области обеспечено выполнение предусмотренных ветеринарным законодательством РФ специальных карантинных мероприятий по ликвидации заразных, в том числе особо опасных болезней, при их возникновении на территории Калужской области. Важное место в работе ветеринарной службы области отводится проведению диагностических и профилактических мероприятий против заболеваний зооантропонозного характера, таких как туберкулёз, бруцеллёз, сибирская язва, листериоз, лептоспироз, бешенство, сальмонеллёз. Ветслужбой области проводятся диагностические исследования по 82 заболеваниям,  профилактируется 55 заболеваний животных, птиц, пчёл, рыб инфекционной и инвазионной природы. В 2014-2016 годах имели место спорадические случаи регистрации заразных болезней: заболевания пастереллёзом крупного рогатого скота (Бабынинский район), пастереллёзом мелкого рогатого скота (Бабынинский район), сальмонеллёзом крупного рогатого скота (Спас-Деменский район), некробактериозом крупного рогатого скота (Козельский, Перемышльский районы), туберкулёзом птиц (Медынский районы), орнитозом (Жуковский район).