​​💉 Что такое ампликонное секвенирование и почему оно становится «золотым стандартом» диагностики микробиоты

​​💉 Что такое ампликонное секвенирование и почему оно становится «золотым стандартом» диагностики микробиоты⁉

В продолжении недавнего поста про микробиоту и диеты, решила рассказать вам про современный метод диагностики микробиома.

До последнего времени одним из основных был бакпосев кала - метод проверенный, но не особо точный, большая часть бактерий просто оставалась вне зоны его охвата. Метод ампликонного секвенирования (16S рРНК / ITS) повысил точность и информативность в сотни раз.

Как же он работает:

✔ Берётся образец - это может быть кал, слюна или соскоб.

✔ Из него выделяется ДНК - извлекается генетический материал из всех бактерий разом. У каждой бактерии есть уникальный участок гена - это как штрих-код или номер автомобиля. Чаще всего - это ген 16S рРНК (у бактерий) и ITS (у грибов).

✔ Дальше проводится амплификация, то есть копирование этих «штрих-кодов» миллионы раз, чтобы их было легче прочитать.

✔ Следующий этап Секвенирование (чтение). Прибор считывает последовательность нуклеотидов в каждом штрих-коде.

✔ И в финале проводится сравнение с базой данных. Все прочитанные последовательности сравнивают с огромной международной базой и получают полный список жителей вашего кишечника с точностью до рода и вида.

Основные преимущества данного метода:

✅ Полная картина. Мы видим не только тех, кого смогли вырастить в лаборатории из вашего биоматериала, а вообще все формы.

✅ Точность. Мы оперируем генами, а не внешним видом колонии. Ошибки "человеческого фактора" исключены.

✅ Соотношение бактерий. Например, соотношение Firmicutes к Bacteroidetes может рассказать о рисках метаболического синдрома или воспалительных процессов больше, чем общий анализ крови.

✅ Скрининг. Можно обнаружить нарушения микрофлоры на ранней стадии, когда симптомов еще нет, но баланс уже нарушен.

Есть у метода и один недостаток - высокая стоимость. Сейчас данный анализ стоит в разных лабораториях от 13 до 30 тысяч. Но надеюсь, уже в ближайшее время данная методика станет доступнее, ведь это великолепный инструмент, позволяющий на ранней стадии распознать многие потенциальные проблемы с ЖКТ(и не только)‼