После смерти Андрея Боголюбского Михаил начал междоусобицу со своим племянником Ярополком III Ростиславичем, который занял Владимирский престол. Но вследствие вражды суздальских городов Михаил покинул Владимир и уехал в Чернигов; вскоре был призван владимирцами, разбил Ярополка III Ростиславича и занял владимирский престол (1175 год). По летописям известно, что став великим князем, Михаил II Юрьевич казнил бояр, которые участвовали в убийстве его брата, князя Андрея Боголюбского, а также его жены, по слухам причастной к этому. Правил во Владимире Михаил всего 1 год. Умер в 1176 г. в Городце на Волге и похоронен во Владимире в Успенском соборе.