Слово вагина пришло в русский язык из латинского. В латинском языке слово vāgīna (произносится как «вагина») означает «ножны», «футляр», «чехол». Первоначально этим словом обозначали чехол для меча или ножа. Как медицинский термин в значении женского полового органа оно появилось в Европе в XVII веке, когда латинские биомедицинские термины стали проникать во все европейские языки с развитием науки анатомии.
Таким образом, изначальный смысл слова вагина — это «оболочка», «футляр», «чехол», — что отражает её анатомическую функцию как полого органа. В письменных медицинских источниках термин впервые употребляется в трактатах по анатомии эпохи Возрождения, до этого использовались другие слова.
Интересный факт: до сих пор в романских языках можно встретить исходное значение: например, в старофранцузском и итальянском vagina — также означало ножны для меча.
В современном русском языке слово «вагина» — это научно-медицинский термин, основа которого по-прежнему та же латинская оболочка или чехол. В разговорном языке чаще встречается слово «влагалище», пришедшее из церковнославянского, но по происхождению и значению два слова схожи.