Века завоеваний, осад, набегов, крестовых походов привели в 1453 году к падению Константинополя под натиском Османской империи. Город был переименован в Стамбул, византийский собор подлежал уничтожению, но султан Мехмед II, восхищенный его красотой, приказал преобразовать собор в мечеть.
Для того чтобы использовать церковь в качестве мечети, султан приказал достроить в ней молитвенный зал, кафедру-минбар для проповедника и каменную ванну-купель. Также к ней было пристроено несколько минаретов, школа, кухня, библиотека, мавзолеи и султанская ложа.
Вместо того, чтобы разрушить многочисленные фрески и мозаики на стенах Айя-Софии, Мехмед II приказал замазать их штукатуркой, на которую сверху нанесли исламские рисунки и каллиграфию. Впоследствии многие первоначальные фрески и мозаики были восстановлены швейцарско-итальянскими архитекторами Гаспаром и Джузеппе Фоссати.
28 мая состоялось последнее христианское богослужение в храме св. Софии в Константинополе.
Вечером 28 мая 1453 года в Св. Софии было совершено богослужение, последняя христианская служба в знаменитом храме. На основании византийских источников, английский историк Е. Пирс (E. Pears) дал волнующее описание этого события:
“Большая вечерняя церемония и служба, всегда выделяющаяся среди мировых исторических спектаклей, была последней христианской службой в храме Святой Мудрости... Император и большая часть приближенных присутствовали в здании, которое снова, но в последний раз было заполнено молящимися христианами.
Не требуется большого усилия воображения для того, чтобы представить сцену. Интерьер храма был самым прекрасным произведением, которое создало христианское искусство. Красота его еще более усиливалась великолепными светильниками. Патриарх и кардинал (священник - ред.), немалое количество представителей как Восточной, так и Западной церквей, император и знать, последние остатки некогда блистательной и смелой византийской аристократии, священнослужители и воины перемешались.
Константинопольцы, венецианцы и генуэзцы – все присутствовали, все осознавали стоящую перед ними опасность. Все ощущали – перед лицом неминуемой опасности – что противоречия, занимавшие их в течение многих лет, были слишком ничтожны, чтобы о них думать.
Император и его свита приобщились Святых Тайн и попрощались с патриархом. Служба была по сути своей заупокойной литургией. Империя была в агонии, и как раз подобало, чтобы службой по ее отлетающему духу была эта публичная церемония в самом прекрасном храме в присутствии ее мужественного последнего императора.
Если сцену коронации Карла Великого и рождения империи, так живо описанную Брайсом (Вгусе), можно отнести к числу самых живописных в истории, то последнее богослужение в Св. Софии, без сомнения, относится к числу самых трагических”.