«Я уже сдавал генетический анализ на этот ген, ничего не нашли — а вы говорите, нужно ещё раз». Эта фраза часто звучит на приёме, и часто за ней действительно стоит резон, потому что разные генетические тесты ищут принципиально разные вещи. Самое частое и самое путающее различие — между SNV и CNV. Это два класса генетических вариантов, и стандартная панель далеко не всегда находит оба.
SNV (single nucleotide variant) — однонуклеотидный вариант, или, говоря просто, замена одной буквы ДНК на другую. К этому же классу относятся короткие инсерции и делеции (indels) длиной до десятков нуклеотидов. Большинство «классических» мутаций, которые описаны в учебниках, — это SNV: BRCA1 c.5266dupC, MEFV M694V, HBB c.20A>T (серповидноклеточная анемия) и так далее. Их прекрасно видно на любом NGS-секвенировании или Сэнгере: в выходных данных просто «не та буква в той же позиции». Большинство тестов на наследственные заболевания спроектированы прежде всего под SNV.
CNV (copy number variant) — изменение числа копий участка ДНК. Это могут быть делеции (потеря целого экзона, гена или хромосомного фрагмента) или дупликации (удвоение участка). Размеры варьируют от нескольких сотен пар оснований до нескольких мегабаз. Например, в гене DMD (мышечная дистрофия Дюшенна) около 60–70% патогенных вариантов — это именно делеции экзонов; в BRCA1 крупные перестройки составляют около 10% всех патогенных мутаций; при синдроме Прадера-Вилли и Ангельмана, синдроме делеции 22q11.2 (ДиДжорджи), синдроме делеции 1p36 — CNV вообще главный механизм болезни.
Принципиальная проблема в том, что стандартное короткочтенное NGS детектирует SNV хорошо, а CNV — плохо или с ограничениями: для надёжного определения числа копий нужны специальные алгоритмы, повышенное равномерное покрытие и валидация по образцам с известными перестройками. Поэтому исторически для поиска CNV использовались совершенно другие методы. Главный из них в клинической диагностике — хромосомный микроматричный анализ (CMA, или array-CGH/SNP-array): на чипе «висят» сотни тысяч проб, гибридизация с пациентской ДНК позволяет увидеть участки, где количество ДНК больше или меньше нормы. CMA — золотой стандарт первой линии при задержке развития, аутистическом расстройстве и множественных врождённых пороках; по разным оценкам, он выявляет клинически значимые CNV у 15–20% таких пациентов.
Второй классический метод — MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification): экзон-специфическая ПЦР, которая видит делеции и дупликации отдельных экзонов в конкретном гене. Это «тонкая работа», которая прекрасно дополняет NGS, например, при анализе DMD, BRCA1/2, MLH1/MSH2 при синдроме Линча.
И, наконец, длинночтенное секвенирование (Oxford Nanopore, PacBio) — относительно новая опция, которая позволяет видеть структурные варианты длиной в десятки и сотни тысяч пар оснований напрямую, без алгоритмических трюков. Это особенно полезно при сложных перестройках и инсерциях ретроэлементов.
Практический вывод для пациента такой: «генетический тест на ген X» может означать совершенно разные технологии и разную чувствительность к разным классам мутаций. Если у пациента сильное клиническое подозрение, а стандартный тест ничего не нашёл, разумный следующий шаг — обсудить с врачом-генетиком расширение поиска: дополнить NGS методом MLPA, сделать CMA, в редких случаях — длинночтенное секвенирование.
В Геномед доступны все три уровня анализа: NGS-панели для SNV, MLPA для адресного поиска перестроек и хромосомный микроматричный анализ. Подбор метода всегда обсуждается с лечащим врачом и генетиком. Каталог исследований — https://price.genomed.ru/