Завязка: покушение на сенатора
Спустя 10 лет после событий «Скрытой угрозы» в Галактической Республике нарастает кризис.
Тысячи звёздных систем под предводительством графа Дуку угрожают выйти из состава Республики.
В Сенате идут жаркие дебаты о создании постоянной армии для защиты государства.
На сенатора от Набу Падме Амидалу, которая теперь выступает против создания армии, совершается покушение.
По приказу Совета джедаев для её охраны на Набу отправляются рыцарь-джедай Оби-Ван Кеноби и его падаван Энакин Скайуокер.
Энакин с детства влюблён в Падме, но теперь его чувства становятся сильнее, хотя джедаям запрещено привязываться.
Расследование Оби-Вана
Оби-Ван начинает расследование и выходит на след охотницы за головами зам Уэссел.
Погоня приводит его на планету Камино. Там он узнаёт, что 10 лет назад мастер-джедай Сайфо-Диас тайно заказал создание огромной армии клонов, используя охотника Джанго Фетта в качестве генетического образца.
Клоны созданы для Республики и уже готовы к отправке.
Оби-Ван встречается с Джанго Феттом и его «сыном» Бобой.
Подозревая их в покушении, он преследует их до планеты Джеонозис.
Там он подслушивает разговор лидеров сепаратистов во главе с графом Дуку и узнаёт о готовящейся армии дроидов.
Оби-Вана захватывают в плен.
Любовь и выбор Энакина
Тем временем на Набу Энакин мучается кошмарами о своей матери, оставшейся на Татуине.
Он едет туда вместе с Падме и находит Шми, но она умирает у него на руках от рук тускенских рейдеров.
В ярости Энакин истребляет всё племя, впервые поддавшись гневу и жажде мести.
Он признаётся Падме в любви, и они тайно обручаются.
Получив сообщение от Оби-Вана, Энакин и Падме отправляются на Джеонозис, чтобы спасти учителя, но сами попадают в ловушку.
Кульминация: битва на Джеонозисе
На арене Петранаки разворачивается масштабное сражение: джедаи, прибывшие спасать Оби-Вана, Энакина и Падме, сражаются с армией дроидов. Силы неравны, джедаи несут потери.
В последний момент прибывает магистр Йода с только что созданной армией клонов.Начинается первая битва Войн клонов.
Энакин и Оби-Ван вступают в поединок с графом Дуку (который оказывается ситхом Дартом Тиранусом).
Энакин теряет руку, а Оби-Ван ранен.
Их спасает Йода, вступив в дуэль с Дуку. Графу удаётся сбежать, забрав чертежи «абсолютного оружия».
Финал: начало войны
Фильм заканчивается на Корусанте.
Республика теперь имеет армию и вступает в Войны клонов.
Энакин с новым кибернетическим протезом руки женится на Падме на тайной церемонии в присутствии C-3PO и R2-D2.
«Атака клонов» — это переходный фильм, где мирная Республика рушится, а Энакин делает первые шаги к Тёмной стороне, поддавшись страху, гневу и запретной любви.