Завязка и приказ босса
Два ирландских наёмных убийцы, Рэй и Кен, по приказу своего босса Гарри отправляются в бельгийский город Брюгге.
Это наказание для Рэя: во время последнего задания в Лондоне он случайно убил не только священника, но и маленького мальчика, стоявшего за ним.
Кена же Гарри ценит и поручает ему присматривать за напарником.Кен, человек старой закалки, с интересом изучает средневековую архитектуру и музеи Брюгге.
Рэя же город приводит в уныние: он считает его скучным, презирает достопримечательности и мучается от чувства вины за смерть ребёнка.
Он постоянно думает о самоубийстве.
Встречи и конфликты
Рэй знакомится с Хлоей, местной девушкой, работающей на съёмках фильма, и с карликом Джимми, который играет в этом фильме.
Между Рэем и Хлоей завязывается роман.
В это же время Кен получает от Гарри новый приказ: он должен убить Рэя, поскольку убийство ребёнка — непростительный грех, который нельзя оставлять безнаказанным.
Кен не может решиться на убийство друга.
Он видит, как Рэй мучается, и пытается его поддержать.
Между тем Рэй ввязывается в драку с канадским туристом, за что его арестовывают.
В участке он знакомится с девушкой, которая впоследствии оказывается причастной к наркоторговле.
Кульминация в Брюгге
Кен отказывается убивать Рэя и предупреждает его о приказе Гарри.
Он признаётся, что получил распоряжение от босса.
Вместе они пытаются сбежать из города, но Рэя ранят.
В это время Гарри сам приезжает в Брюгге, чтобы лично исправить ситуацию.
Он выслеживает Кена.
В финальной сцене на колокольне башни Белфорт происходит напряжённая дуэль между Гарри и Кеном.
Кен отказывается стрелять в друга и жертвует собой, чтобы дать Рэю шанс спастись.
Финальная развязка
Гарри преследует раненого Рэя по ночным улицам и каналам Брюгге.
В конце концов, он настигает его в парке.
По правилам чести, Гарри не может простить себе убийство ребёнка (пусть и случайное) и, согласно своему кодексу, должен застрелиться.
Он выполняет это, но перед этим успевает ранить Рэя.
Фильм заканчивается сценой в машине скорой помощи: раненый Рэй смотрит в небо и видит, как мимо пролетают люди — это души тех, кто умер.
Среди них он видит мальчика, которого убил.
В этот момент Рэй улыбается, возможно, обретая покой.
«Залечь на дно в Брюгге» — это чёрная комедия с элементами драмы и триллера, где философские размышления о грехе, вине и искуплении переплетаются с абсурдным юмором и яркими диалогами.