Добавить в корзинуПозвонить
Найти в Дзене

Древние виды пшеницы выделяют меньше связанных с целиакией Т-клеточных эпитопов, чем обычная пшеница, при переваривании в желудочно-кишечном

Древние пшеницы лучше усваиваются организмом чувствительным к глютену. В данной статье опубликованной в журнале Foods в 2020м году ученые показывают, что однозернянка более безопасный продукт даже для людей страдающих целиакией. Аннотация: Целиакия (CeD) - аутоиммунная энтеропатия, вызываемая иммуногенными пептидами глютена, которые высвобождаются в процессе переваривания пшеницы в желудочно-кишечном тракте. Нашей целью было идентифицировать пептиды, содержащие Т-клеточные эпитопы, после переваривания ex vivo древней (однозернянка, спельта и эммер) и обычной (гексаплоидной) пшеницы (Fram, Bastian, Børsum и Mirakel) с использованием желудочно-кишечных соков человека. Пшеничную кашу переваривали с использованием статической модели ex vivo. Пептиды, выделившиеся после 240-минутного переваривания, анализировали с помощью жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометрией высокого разрешения (HPLC-ESI MS/MS). При переваривании Ex vivo у древних сортов пшеницы (однозернянка (n = 38),
Tora Asledottir 1,* , Rashida Rehman 1, Gianfranco Mamone 2 , Gianluca Picariello 2 , Tove Gulbrandsen Devold 1, Gerd Elisabeth Vegarud 1, Arne Røseth 3, Tor Erling Lea 1, Trond S. Halstensen 3,4 , Pasquale Ferranti 2,5 and Anne Kjersti Uhlen 6
1		Faculty of Chemistry, Biotechnology and Food Science, Norwegian University of Life Sciences, 1433 Ås, Norway; rashida.rehman@nmbu.no (R.R.); tovede@nmbu.no (T.G.D.); gerd.vegarud@nmbu.no (G.E.V.); tor.lea@nmbu.no (T.E.L.)
2	Institute of Food Science, National Research Council, 83100 Avellino, Italy; mamone@isa.cnr.it (G.M.);
picariello@isa.cnr.it (G.P.); ferranti@unina.it (P.F.)
3	Department of Internal Medicine, Lovisenberg Diaconal Hospital, 0456 Oslo, Norway; arneroseth@gmail.com (A.R.); t.s.halstensen@odont.uio.no (T.S.H.)
4	Department of Oral Biology, Faculty of Dentistry, University of Oslo, 0372 Oslo, Norway
5	Department of Agriculture, University of Naples Federico II, 80055 Portici, Italy
6	Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, 1433 Ås, Norway; anne.uhlen@nmbu.no
*	Correspondence: toraas@nmbu.no; Tel.: +47 67232966

EX VIVO - проведение экспериментов в живой ткани, перенесённой из организма в искусственную внешнюю среду 

Получено: 3 августа 2020 г.; Принято к рассмотрению: 18 августа 2020 г.; Опубликовано: 25 августа 2020 г.
Tora Asledottir 1,* , Rashida Rehman 1, Gianfranco Mamone 2 , Gianluca Picariello 2 , Tove Gulbrandsen Devold 1, Gerd Elisabeth Vegarud 1, Arne Røseth 3, Tor Erling Lea 1, Trond S. Halstensen 3,4 , Pasquale Ferranti 2,5 and Anne Kjersti Uhlen 6 1 Faculty of Chemistry, Biotechnology and Food Science, Norwegian University of Life Sciences, 1433 Ås, Norway; rashida.rehman@nmbu.no (R.R.); tovede@nmbu.no (T.G.D.); gerd.vegarud@nmbu.no (G.E.V.); tor.lea@nmbu.no (T.E.L.) 2 Institute of Food Science, National Research Council, 83100 Avellino, Italy; mamone@isa.cnr.it (G.M.); picariello@isa.cnr.it (G.P.); ferranti@unina.it (P.F.) 3 Department of Internal Medicine, Lovisenberg Diaconal Hospital, 0456 Oslo, Norway; arneroseth@gmail.com (A.R.); t.s.halstensen@odont.uio.no (T.S.H.) 4 Department of Oral Biology, Faculty of Dentistry, University of Oslo, 0372 Oslo, Norway 5 Department of Agriculture, University of Naples Federico II, 80055 Portici, Italy 6 Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, 1433 Ås, Norway; anne.uhlen@nmbu.no * Correspondence: toraas@nmbu.no; Tel.: +47 67232966 EX VIVO - проведение экспериментов в живой ткани, перенесённой из организма в искусственную внешнюю среду Получено: 3 августа 2020 г.; Принято к рассмотрению: 18 августа 2020 г.; Опубликовано: 25 августа 2020 г.

Древние пшеницы лучше усваиваются организмом чувствительным к глютену.

В данной статье опубликованной в журнале Foods в 2020м году ученые показывают, что однозернянка более безопасный продукт даже для людей страдающих целиакией.

Аннотация: Целиакия (CeD) - аутоиммунная энтеропатия, вызываемая иммуногенными пептидами глютена, которые высвобождаются в процессе переваривания пшеницы в желудочно-кишечном тракте. Нашей целью было идентифицировать пептиды, содержащие Т-клеточные эпитопы, после переваривания ex vivo древней (однозернянка, спельта и эммер) и обычной (гексаплоидной) пшеницы (Fram, Bastian, Børsum и Mirakel) с использованием желудочно-кишечных соков человека. Пшеничную кашу переваривали с использованием статической модели ex vivo. Пептиды, выделившиеся после 240-минутного переваривания, анализировали с помощью жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометрией высокого разрешения (HPLC-ESI MS/MS). При переваривании Ex vivo у древних сортов пшеницы (однозернянка (n = 38), спельта (n = 45) и эммер (n = 68)) высвобождалось меньше пептидов, содержащих Т-клеточные эпитопы, по сравнению с обычными сортами пшеницы (Fram (n = 72), Børsum (n = 99), Bastian (n = 155) и Mirakel (n = 144)). Ни в одном из переваренных сортов пшеницы не было обнаружено ни иммунодоминантных 33-мерных и 25-мерных α-глиадиновых пептидов, ни 26-мерного γ-глиадинового пептида. Таким образом, пищеварительный сок человека был способен переваривать 33-мерный и 25-мерный α-глиадин, а также 26-мерные пептиды, полученные из γ-глиадина, в то время как их фрагменты все еще содержали наивные Т-клеточно-реактивные эпитопы. Хотя древняя пшеница выделяла меньше иммуногенных пептидов после переваривания человеком ex vivo, они по-прежнему высокотоксичны для пациентов с целиакией. Более широкое использование этих древних сортов пшеницы может, тем не менее, снизить частоту возникновения целиакии CeD.

Ключевые слова: целиакия; пшеница; переваривание ex vivo; Т-клеточный эпитоп; иммуногенный пептид

Введение

Белки пшеницы вызывают реакции гиперчувствительности (аллергия/непереносимость). Целиакия (CeD) - аутоиммунная реакция гиперчувствительности, вызываемая глиадинами пшеницы у генетически предрасположенных людей. Популяционный скрининг показал, что распространенность CeD составляет 1-2% в Европе и США [1,2], но многие пациенты еще не диагностированы [3]. Помимо пшеничного глютена (глиадин и глютенин), пациенты с CeD реагируют на структурно родственные белки во ржи (секалины), ячмене (гордеины) и редко в овсе (авенины) [4]. Вызванное глютеном воспаление кишечника ведет к гиперплазии клеток крипт тонкой кишки, атрофии ворсинок и нарушению всасывания питательных веществ [5]. Доминирующая генетическая предрасположенность к CeD - наличие аллелей человеческого лейкоцитарного антигена (HLA) DQ-2.5 или DQ8 [6]. В мире около 90% пациентов с CeD экспрессируют гетеродимер HLA-DQ 2.5 (состоящий из HLA-DQA*0501 и HLA-DQB*0201), остальные экспрессируют HLA-DQ8, и лишь у нескольких экспрессируется 1 из цепей HLA-DQ-2.5 либо в HLA-DQ2.2, либо в -DQ7.5 alleles [7]. Хотя HLA - наиболее важный и необходимый генетический фактор риска, более 39 других локусов связаны с развитием CeD [8].

Молекулы HLA-DQ, ассоциированные с CeD, связывают пептиды глиадина, которые были дезаминированы тканевой аутоантигенной трансглутаминазой-2 (tTG2) с высокой аффинностью. Однако выбор Т-клеточных эпитопов, реагирующих с глютеном, зависит, по меньшей мере, от трех факторов: (1) устойчивости к протеолитическому расщеплению, (2) специфичности к дезаминированию tTG2 и (3) связывающих свойств с HLA-DQ-2.5/8.

Основными белковыми группами в пшенице являются запасающие белки глиадин и глютенин, составляющие 80% от количества белка в зерне обычной пшеницы [9]. Они богаты глютамином и пролином, что делает глютен очень устойчивым к протеолитической деградации в ЖКТ, в результате чего образуются длинные пептиды длиной от 15 до 50 остатков [10]. Пример: 33-мерный фрагмент α-глиадина (LQLQPFPQPQLPYPQPLPYPQPQLPYPQPQPF) который считается 1м из главных «виновников» CeD [10,11] поскольку он содержит 6 перекрывающихся Т-клеточных эпитопов. Но было идентифицировано несколько других длинных пептидов, содержащих CeD-ассоциированные Т-клеточные эпитопы [12–14].

Обыкновенная пшеница (Triticum aestivum) развилась в результате гибридизации между тетраплоидным видом T. turgidum (AABB) и диплоидным видом Aegilops tauschii (DD) [15]. Обыкновенная гексаплоидная пшеница (AABBDD) хорошо адаптируется, растет более устойчиво и имеет благоприятный состав глютена для промышленного производства по сравнению с предшественницами [16]. Но разница в составе глютена между диплоидными (AA), тетраплоидными (AABB) и гексаплоидными (AABBDD) сортами может влиять на расщепление при пищеварении [17]. Замена обычной пшеницы на однозернянку (Triticum monococcum) отсрочит начало CeD у предрасположенных к HLA-DQ2.5/-8 родственников 1й степени, т.к. содержит меньше предполагаемых Т-клеточных эпитопов [14] (т.к. у диплоидной и тетраплоидной пшеницы нет генома Dс 33-мерным фрагментом α-глиадина).

Цель исследования - сравнить пептидные профили и идентифицировать глютеновые пептиды, полученные ex vivo из 7 различных сортов пшеницы с использованием желудочно-кишечных соков человека. Для обработки использовали древнюю пшеницу (однозернянка, спельта и эммер) и сорта обычной пшеницы, выращиваемые в Норвегии в 1900-1930 г. (Børsum, Fram) и в 1990-2020 г. (Bastian, Mirakel). Поскольку активность и специфичность пищеварительных ферментов, в т.ч. трипсин, различны в разных источниках [18], использование пищеварительных ферментов человека более точно отразит ситуацию in vivo по сравнению с ферментами бычьего или свиного происхождения, которые применялись в большинстве опубликованных на сегодняшний день исследований in vitro.

Пептиды, высвобождающиеся при расщеплении, были идентифицированы с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии/ионизации электрораспылением высокого разрешения/тандемной масс-спектрометрии (HPLC-ESI-MS/MS). Полученные пептиды сравнивали с 9ю аминокислотными участками ядра, распознаваемыми CeD-ассоциированными CD4+ Т-клетками [19]. Кроме того, был проведен мониторинг 33-мерного и 25-мерного α-глиадинов и 26-мерного γ-глиадинового иммунодоминантного пептида, поскольку они состоят из нескольких перекрывающихся Т-клеточно-реактивных эпитопов.

Материалы и методы

Отбор проб пшеницы

Пшеница была собрана в 2017 г. с экспериментального поля (Vollebekk Research Farm, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway). Все виды и сорта пшеницы выращивались на одном и том же поле на участках площадью 4.5 м2. По достижении зрелости с каждого участка было собрано примерно по 50 початков каждого образца. Были отобраны образцы пшеницы всех яровых сортов, включая виды древней пшеницы: однозернянка (диплоидная, AA), эммер (тетраплоидная, AABB) и спельта (гексаплоидная, AABBDD), а также 4 отобранных сорта обычной пшеницы (гексаплоидная, AABBDD). Эти 7 различных сортов пшеницы (Таблица 1) в дальнейшем называются “типами пшеницы”. Перед обмолотом и очисткой собранную пшеницу выдерживали при влажности ниже 15% при температуре 30°C в течение 3 дней (Perten Instruments AB, Hägersten, Sweden).

Таблица 1. Геномный состав и происхождение изученных сортов пшеницы.
Таблица 1. Геномный состав и происхождение изученных сортов пшеницы.

Характеристика пшеницы

После обмолота зерна однозернянки, эммер и спельты были очищены вручную. Перед дальнейшим анализом образцы были измельчены до состояния цельнозерновой муки на аппарате Falling Number Laboratory 3100 с ситом толщиной 0,8 мм (Perten Instruments AB, Hägersten, Sweden). Размер ядер измеряли по весу на тысячу ядер (TKW). Зерна подсчитывали с помощью счетчика семян Elmor C1 (Elmor Ltd., Schwyz, Switzerland), и представляли в виде веса в граммах на тысячу зерен. Содержание влаги в зерне определяли путем сушки зерен в течение 24 часов при температуре 105◦C. Кроме того, содержание азота в образцах пшеницы измеряли с помощью микро-метода Кьельдаля (Kjeltec™ 8400, Tecator, Foss, Hillerød, Denmark), а содержание белка в пшенице определяли с использованием коэффициента Кьельдаля 5,7. Общее содержание крахмала анализировали с помощью набора Megazyme (K-TSTA-100A 08/19, Megazyme, Bray, Ireland) [20]. Кашу готовили путем смешивания цельнозерновой муки и воды (1:20 вес/объем), затем нагревали при 100 ◦C в течение 10-15 мин, гомогенизировали, охлаждали и хранили при 4◦C до переваривания ex vivo

Переваривание пшеничной каши Ex vivo

Желудочный и дуоденальный соки человека собирали в соответствии с Ulleberg и соавт. [21] путем аспирации у здоровых добровольцев (n = 20) в Lovisenberg Diaconal Hospital, Norway. Все испытуемые сообщили об отсутствии симптомов CED и дали свое информированное согласие на включение в исследование до его начала. Это стремление было одобрено Regional Committees for Medical and Health Research Ethics (REK 2012/2230 и 2012/2210) в Норвегии. Вкратце, гибкая силиконовая трубка с тремя просветами была введена через нос или рот в антральный отдел желудка и двенадцатиперстную кишку под руководством гастроскописта. Одновременно с аспирацией желудочной и дуоденальной жидкостей непрерывно вводили изотонический стимулирующий раствор (17,5 г/л сахарозы, 450 мг/л NaCl, 800 мг/л L-фенилаланина и 575 мг/л L-валина в воде) (100 мл/ч). Аспираты объединяли и хранили при температуре −20 ◦C, а затем при −80 ◦C [21]. Ферментативную активность пепсина и трипсина определяли в соответствии с исследованиями Minekus и соавт. [22]. Переваривание с помощью ферментов ЖКТ человека проводилось в соответствии со стандартизированной консенсусной моделью [22] с некоторыми изменениями. Аликвоту овсяной каши (1 г с содержанием белка приблизительно 5 мг/мл) смешивали в соотношении 1:1 (вес/объем) со слюнной жидкостью (SSF), содержащей α-амилазу (75 U/mL, Sigma Aldrich) и инкубировали в течение 2 мин, имитируя пероральную фазу. Фазу переваривания в желудке проводили путем добавления имитационной желудочной жидкости (SGF) с желудочным соком человека (HGJ) (активность пепсина 2000 Ед/мл) к пероральной фазе (1:1, по объему) и доведения рН до 3,0 путем добавления 1 М HCl. Образцы инкубировали на водяной бане при температуре 37 ◦C при мягком магнитном перемешивании в течение 120 минут. Фазу дуоденального переваривания проводили путем добавления имитационной кишечной жидкости (SIF) содержащей дуоденальный сок человека (HDJ) (активность трипсина 100 ед/мл) к образцу из желудка (1:1 по объему). рН доводили до 7,0 добавлением 1 М NaOH и образцы инкубировали на водяной бане при температуре 37◦C еще 120 мин при магнитном перемешивании, затем добавляли 5 mM Pefabloc® (Sigma Aldrich, St. Louis, MO, US). Переваривание проводили параллельно, и все образцы сразу же хранили при температуре −20 ◦C до дальнейшего анализа.

Пептидный профиль с помощью HPLC-ESI MS/MS

Перед проведением MS анализа HPLC-ESI MS, осадки (100 мкл) были опреснены с помощью колонки C18 spin (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA), в соответствии с инструкциями производителя, элюируя 70% ацетонитрилом (по объему)/0.1% трифторуксусной кислотой (TFA). MS-анализ проводили с использованием масс-спектрометра Q Exactive Orbitrap (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA), в режиме онлайн в сочетании со сверхвысокопроизводительным прибором жидкостной хроматографии Ultimate 3000 (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA). Очищенные пептиды разводили в 50 мкл 0,1%-ного (по объему) раствора муравьиной кислоты, пропускали через предварительную колонку длиной 5 мм и внутренним диаметром 300 мм (LC Packings, San Jose, CA, USA) и разделяли с помощью колонки EASY-Spray™ PepMap C18 (2 мкм, 15 см–75 мкм; частицы размером 3 мм; размер пор 100 Å (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA)). Элюент А состоял из 0,1% муравьиной кислоты (по объему) в воде Milli-Q, а элюент В состоял из 0,1% муравьиной кислоты (по объему) в ацетонитриле. Колонку уравновешивали 5%-ным элюентом B. Пептиды разделяли с помощью градиента элюента В 4-40% в течение 60 мин (300 нЛ/мин). Масс-спектрометр работал в режиме, зависящем от данных, и все спектры MS1 были получены в режиме положительной ионизации путем сканирования в диапазоне 1800-350 м/с. Максимум 10 наиболее интенсивных ионов MS1 были фрагментированы в режиме MS/MS. Разрешающая способность была установлена на уровне 70 000 по всей ширине при половинном максимуме (FWHM), используя мишень автоматической регулировки усиления (AGC), равную 1 × 106 ионам, и 100 мс в качестве максимального времени инжекции ионов (IT) для генерации спектров предшественников. Спектры фрагментации MS/MS были получены с разрешающей способностью 17,500 FWHM и для предотвращения повторной фрагментации наиболее распространенных ионов использовалось динамическое исключение в течение 10 секунд. Ионы с одним или более чем шестью зарядами были исключены из процесса фрагментации. Спектры были получены с использованием программного обеспечения Xcalibur Software 3.1 version (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA).

Идентификация спектров МС-анализа

Пептиды были идентифицированы по спектрам MS/MS с использованием Proteome Discoverer 2.1 software (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA), основанного на алгоритме Sequest searching. Поиск был таксономически ограничен базой данных Triticum, извлеченной из UniProtKB (загружена в феврале 2018 г.). Параметрами поиска были: Окисление Met и пироглутаминовая кислота для N-terminus Gln в качестве вариабельных модификаций белка; допустимое значение массы 10 ppm (частей на миллион для ионов-предшественников и 0.01 Da для фрагментов MS/MS; протеолитический фермент не был выбран. Частота ложных срабатываний и вероятность обнаружения белка были рассчитаны с помощью валидатора соответствия спектра пептидов-мишеней (PSM), который работает в диапазоне от 0,01 до 0,05 для строгого и упрощенного поиска, соответственно. Данные трех повторных анализов LC-MS/MS были объединены. Количество пептидов определяли по количеству PSM и соответствующему количеству ионов.

Эпитопы Т-клеток были определены по их нативным последовательностям глиадина в том виде, в каком они были представлены до дезамидирования, поскольку лечение tTG2 не было включено в текущее исследование. Ожидается, что эти пептиды будут модифицированы in vivo собственной пластинкой tTG2 и станут иммуногенными, поскольку tTG2 дезамидирует глутамин (Q) в глутамат (E). Только дезамидированные пептиды помещаются в пептидсвязывающую канавку HLA-DQ2.5/8 и стимулируют CeD, стимулирующие CD4+ Т-клетки [23,24].

Результаты

Содержание белка варьировалось примерно от 8,2% до 11%, и во всех древних сортах пшеницы содержание белка превышало 10% (Таблица 2). Содержание крахмала было в пределах нормы (от 55% до 66%) для всех сортов пшеницы, а масса тысячи зерен (TKW) варьировалась от 30 до 41 г для разных сортов пшеницы.

При переваривании образцов каши с соками ЖКТ человека в условиях Ex vivo было получено множество фрагментов белка глютена, которые были идентифицированы с помощью HPLC-ESI MS/MS и программного обеспечения. В целом, для каждого образца было идентифицировано от 1051 до 2689 пептидов. Был составлен список уникальных пептидных последовательностей, не являющихся избыточными, который использовался для идентификации Т-клеточно-реактивных эпитопов в перечне [19]. В то время как при переваривании спельты высвобождается мало пептидов, их количество постепенно увеличивается у однозернянки (диплоидного) и эммер (тетраплоидного), а затем и у распространенных гексаплоидных сортов пшеницы Fram, Mirakel и Bastian. Таким образом, последние две разновидности имели наибольшее количество уникальных пептидов, из которых 144 и 155 были иммуногенными пептидами, содержащими Т-клеточные эпитопы (IPs), соответственно (Рисунок 1). Это контрастирует с показателями однозернянки, спельты и эммер, которые выпустили только 38, 45 и 68 IPs, соответственно (Рисунок 1). Таким образом, при переваривании однозернянки высвобождается значительно меньше IPs (18% пептидов), чем при переваривании Bastian (37% пептидов). Интересно, что ни один из переваренных сортов пшеницы не содержал неповрежденного – 33х, -26и или -25и мерного глиадина (Рисунок 2).

Хотя немногие пептиды идеально соответствовали Т-клеточно-реактивным эпитопам из перечня [19], олее крупные пептиды содержали эти IP-последовательности. Переваривание всех видов пшеницы содержало пептиды с эпитопами DQ2.5-glia-γ4c (QQPEQPFPQ), DQ2.5-glia-γ5 (QQPFPQQPQ) и DQ2.5-glia-ω1 (PFPQPQQPF), в то время как только гексаплоидные (T. aestivum) виды пшеницы, (Fram, Børsum, Bastian и Mirakel) высвобождали пептиды с эпитопами DQ2.5-glia-α2 (PQPELPYPQ) и DQ2.5-glia-α1b (PYPQPQLPY) (Рисунок 3). В частности, у однозернянки было обнаружено меньшее количество IPs с меньшей вариабельностью, поскольку были обнаружены только шесть из 22 Т-клеточно-реактивных эпитопов. Это в отличие от спельты, Bastian и Mirakel, которые выделяли 8, 11 и 13 различных Т-клеточно-реактивных эпитопов соответственно. Однако эпитопы DQ2.5-hor-2 (PQPQQPFPQ) и DQ2.5-glia-γ4b (PQPQQQFPQ) доминировали в родовых образцах пшеницы, поскольку они присутствовали только в одном и двух пептидах из обычных видов пшеницы соответственно.

γ-глиадины высвобождают наибольшее количество пептидов, содержащих Т-клеточные эпитопы, во всех типах пшеницы, как показано на Рисунке 4. Низкомолекулярные глютенины были вторым по величине источником IPs в однозернянке и эммер; ω-глиадины занимали второе место по величине, за ними следовали α-глиадины в распространенных гексаплоидных сортах пшеницы. Только Fram и Mirakel выпустили несколько IPS из высокомолекулярных глютенинов. Кроме того, мы также обнаружили содержащие Т-клеточные эпитопы пептиды из пшеничных секалинов во всех типах пшеницы, которые являются белками, обычно встречающимися во ржи и, скорее всего, идентифицируемыми здесь по гомологии.

Таблица 2.Различия в граммах на тысячу ядер (TKW) в содержании крахмала и белков среди различных сортов пшеницы (однозернянка, эммер и спельта) и обычных сортов пшеницы (Fram, Børsum, Bastian и Mirakel).
Таблица 2.Различия в граммах на тысячу ядер (TKW) в содержании крахмала и белков среди различных сортов пшеницы (однозернянка, эммер и спельта) и обычных сортов пшеницы (Fram, Børsum, Bastian и Mirakel).
Рисунок 1. Представление уникальных пептидов, идентифицированных в каждом типе пшеницы, и количества Т-клеточно-реактивных эпитопов в уникальных пептидах, согласно Sollid, Qiao [19]. Предполагаемые иммуногенные пептиды представлены в процентах от общего количества уникальных пептидов в каждом типе пшеницы (идентифицированы методом HPLC-ESI MS/MS).
Рисунок 1. Представление уникальных пептидов, идентифицированных в каждом типе пшеницы, и количества Т-клеточно-реактивных эпитопов в уникальных пептидах, согласно Sollid, Qiao [19]. Предполагаемые иммуногенные пептиды представлены в процентах от общего количества уникальных пептидов в каждом типе пшеницы (идентифицированы методом HPLC-ESI MS/MS).
Рисунок 2. Пептиды, идентифицированные в гексаплоидных тестах пшеницы, которые соответствуют альфа-глиадину 33-мерному и 25-мерному и гамма-глиадину 26-мерному. Различные сорта пшеницы представлены разными цветами: Mirakel, темно-синий; Bastian, зеленый; Børsum, светло-голубой; Fram, желтый; спельта, серый. Известные Т-клеточные эпитопы в проиллюстрированных последовательностях выделены фиолетовым цветом над последовательностью.
Рисунок 2. Пептиды, идентифицированные в гексаплоидных тестах пшеницы, которые соответствуют альфа-глиадину 33-мерному и 25-мерному и гамма-глиадину 26-мерному. Различные сорта пшеницы представлены разными цветами: Mirakel, темно-синий; Bastian, зеленый; Børsum, светло-голубой; Fram, желтый; спельта, серый. Известные Т-клеточные эпитопы в проиллюстрированных последовательностях выделены фиолетовым цветом над последовательностью.
Рисунок 3. Графическое представление количества пептидов с указанным Т-клеточным эпитопом в каждом сорте пшеницы, обозначенное разными цветами. Количество эпитопов определяется путем подсчета последовательностей данных эпитопов в списке различных пептидов. Каждая полоска представляет собой последовательность эпитопов Т-клеток, например, последовательность PFPQPQLPY специфична для эпитопа DQ2.5-glia-α1a [19]. Сокращения используются для обозначения того, из какой фракции глиадина происходят эпитопы: glia-α, α-глиадин; glia-γ, γ-глиадин; glia-ω, ω-глиадин; glut-L, низкомолекулярный глютенин; glut-H, высокомолекулярный глютенин; hor, гордеин.
Рисунок 3. Графическое представление количества пептидов с указанным Т-клеточным эпитопом в каждом сорте пшеницы, обозначенное разными цветами. Количество эпитопов определяется путем подсчета последовательностей данных эпитопов в списке различных пептидов. Каждая полоска представляет собой последовательность эпитопов Т-клеток, например, последовательность PFPQPQLPY специфична для эпитопа DQ2.5-glia-α1a [19]. Сокращения используются для обозначения того, из какой фракции глиадина происходят эпитопы: glia-α, α-глиадин; glia-γ, γ-глиадин; glia-ω, ω-глиадин; glut-L, низкомолекулярный глютенин; glut-H, высокомолекулярный глютенин; hor, гордеин.
Рисунок 4. Схематическое представление процентного содержания Т-клеточных эпитопов из отдельных подсемейств родительских белков. Каждая белковая фракция объединяла несколько различных пептидов с различными номерами доступа из UniProtKB. LMW - низкомолекулярный; HMW - высокомолекулярный.
Рисунок 4. Схематическое представление процентного содержания Т-клеточных эпитопов из отдельных подсемейств родительских белков. Каждая белковая фракция объединяла несколько различных пептидов с различными номерами доступа из UniProtKB. LMW - низкомолекулярный; HMW - высокомолекулярный.

Обсуждение

Целью данного исследования было охарактеризовать эпитопы Т-клеток, ассоциированные с CeD, в пептидах, выделяющихся при переваривании в желудочно-кишечном тракте ex vivo трех древних сортов пшеницы (однозернянка, эммер и спельта), и 4х обычных норвежских сортов пшеницы (Fram, Børsum, Bastian и Mirakel). Аналогично работе Shan и соавт. [10], в нескольких исследованиях было установлено, что устойчивые к перевариванию 33мерные (LQLQPFPQPQLPYPQPQLPYPQPQLPYPQPQPF), и 25мерные (LGQQQPFPPQQPYPQPQPFPSQQPY) фрагменты из α-глиадина [25], и 26мерные (FLQPQQPFPQQPQQPYPQQPQQPFPQ) из γ-глиадина [26] содержат большинство Т-клеточно-реактивных эпитопов, участвующих в иммунной реакции CeD [27]. Удивительно, но эти крупные иммунодоминантные пептиды были расщеплены на более мелкие, но все же содержащие Т-клеточные эпитопы пептиды современными пищеварительными системами ex vivo. Это контрастирует с предыдущими экспериментами по расщеплению in vitro, показавшими, что 33-мерные, 26-мерные и 25-мерные пептиды были устойчивы к расщеплению. В то время как в предыдущих моделях пищеварения использовались пищеварительные ферменты крупного рогатого скота или свиньи, в нынешних экспериментах использовались гастродуоденальные аспираты человека, что повышает физиологическую значимость модели и, следовательно, более точно имитирует желудочно-кишечное пищеварение in vivo [28]. Однако, поскольку мы использовали гастродуоденальные аспираты от здоровых людей, у которых, по-видимому, не было целиакии, мы не можем исключить возможность того, что пациенты с целиакией переваривают глютен по-разному либо из-за генетических различий в кишечных пищеварительных ферментах, либо из-за различий в переваривании глютена с помощью микробов.

Переработанные пшеничные пептиды содержали как одиночные, так и множественные перекрывающиеся иммуногенные последовательности ядер. В то время как однозернянка выделяла наименьшее количество возможных Ips, а за ней следовала спельта, Bastian выделил наибольшее количество IPs. Хотя процентное соотношение IPs к общему количеству пептидов существенно не различалось между сортами пшеницы с разными геномами, у древних сортов, как правило, процентное соотношение IPs было ниже. Это противоречит выводам Prandi и соавт. [29], которые сообщили, что при культивировании in vitro старых сортов пшеницы образуется больше IPs по сравнению с современными сортами. Однако их современные образцы пшеницы включали как однозернянку, так и спельту, которые в нашем исследовании были классифицированы как древние, а их старые сорта включали только тетраплоидные и гексаплоидные сорта пшеницы (T. aestivum L., T. turgidum var. durum Desf., T. turgidum var. dicoccum L (эммер)), что затрудняет сравнение результатов. Наши результаты также противоречат выводам Malalgoda и соавт. [30], которые не обнаружили различий между древними и современными сортами пшеницы в пептидах, содержащих Т-клеточные эпитопы, высвобождающихся после расщепления глиадина в геле свиным химотрипсином. Однако эта система пищеварения в геле с коммерческими ферментами не имитирует пищеварение в ЖКТ человека так, как это делает современная пищеварительная система ex vivo, использующая гастродуоденальные соки человека.

Локус гена 33х-мерного α-глиадина расположен на хромосоме 6D только у сортов гексаплоидной пшеницы [31]. Таким образом, последовательность 33mer отсутствует в однозернянке (AA) и эммер (AABB) но может присутствовать в спельте, Fram, Børsum, Bastian и Mirakel (AABBDD). Пеприд 33х-мерного α-глиадина содержит шесть перекрывающихся последовательностей Т-клеточных эпитопов: одну копию DQ2.5--связывающего глиадин пептида, glia-α1a (PFPQPQLPY), две копии DQ2.5-glia-α1b (PYPQPQLPY) и три копии DQ2.5-glia-α2 (PQPQLPYPQ). В то время как ни один из этих эпитопов не был обнаружен в диплоидной однозернянке, переваренные эммер и спельта выделили один пептид с эпитопом DQ2.5-glia-α1a. Напротив, эти Т-клеточные эпитопы присутствовали во многих пептидах гексаплоидных сортов пшеницы. В частности, Mirakel, Bastian и Børsum выделили несколько 33-мерных фрагментов (Рисунок 2). Глиадины, полученные из хромосомы 6D, расщеплялись в разных положениях, образуя пептиды разной длины со сходными или множественными перекрывающимися последовательностями эпитопов. Таким образом, при переваривании этих сортов пшеницы высвобождается больше пептидов, содержащих Т-клеточные эпитопы, чем у диплоидных и тетраплоидных сортов пшеницы, у которых отсутствует хромосома 6D.

26-мерный пептид, полученный из γ-глиадина, содержит два перекрывающихся Т-клеточных эпитопа: DQ2.5-glia-γ3, (QQPQQPYPQ) и DQ2.5-glia-γ4c (QQPQQPFPQ). В то время как эпитоп DQ2.5-glia-γ3 отсутствовал в однозернянке и спельте, н присутствовал в продуктах из других гексаплоидных сортов пшеницы и эммер. Хотя эпитоп DQ2.5-glia-γ4c был наиболее доминирующим пептидным эпитопом во всех переваренных образцах пшеницы, его содержание варьировалось от умеренного в однозернянке и спельте до почти трехкратного увеличения в обычных сортах пшеницы. Другие доминирующие эпитопы, DQ2.5-glia-γ5 (QQPFPQQPQ) и DQ2.5-glia-ω1 (PFPQPQQPF), а также DQ2.5-glia-γ4c, были обнаружены после комплексного протеолитического расщепления глютена с использованием методов выделения человеческих моноклональных антител для идентификации эпитопов [32].

25-мерный пептид α-глиадина не был обнаружен во всех образцах. Однако однозернянка, эммер, Børsum, Bastian и Mirakel, но не спельта и Fram, выпустили укороченный 20ти-мерный пептид (31LGQQQPFPPQQPYPQPQPFPS51). Несколько исследований показали, что 13ти-мерная последовательность 31LGQQQPFPPQQPY43 в составе 25-мерного пептида α-глиадина и укороченного 20-мерного пептида, обнаруженная в этом исследовании, активирует врожденную иммунную систему [33] путем усиления регуляции интерлейкина-15, циклооксигеназы-2 (COX-2), экспрессии CD25 и CD83 на собственной пластинке макрофагов, моноцитах, и дендритных клеток перед любой стимуляцией CD4+ Т-клеток [34]. Совсем недавно Barone и соавт. [35] показали, что 13ти-мерные индуцировали изменение везикулярного обмена в эпителиальной клеточной линии рака толстой кишки Caco-2. Это приводит к сверхэкспрессии транс-представленного комплекса IL-15/IL5R который индуцирует EGFR-зависимую пролиферацию клеток, что может объяснить ремоделирование слизистой оболочки при CeD. Таким образом, врожденная иммунная система также может быть вовлечена в этот аспект патогенеза CeD.

Выводы

При переваривании диплоидной, тетраплоидной и гексаплоидной пшеницы в желудочно-кишечном тракте человека ex vivoобразуются пептиды, содержащие Т-клеточные эпитопы, в зависимости от геномных особенностей. Переваривание пшеницы желудочно-кишечными соками человека привело к иной схеме расщепления белка по сравнению с ранее проведенными исследованиями, в которых использовались ферменты свиного или бычьего происхождения. В нашем исследовании иммунодоминантные пептиды (33-мерные и 25-мерные α-глиадиновые пептиды и 26-мерный γ-глиадиновый пептид) были обнаружены не в их интактной форме, а в виде разрушенных фрагментов. Существующая модель пищеварения не включала разложение и всасывание в слизистой оболочке. Следовательно, биодоступность и способность этих пептидов достигать собственной пластинки и связываться с tTG2 посредством дезамидирования и, таким образом, приобретать свойства связывания с HLA-DQ2.5/8 и превращаться в Т-клеточные эпитопы, еще предстоит изучить. Тем не менее, результаты показали, что древние виды пшеницы могут быть менее токсичными в плане CeD по сравнению с обычными гексаплоидными сортами. Вопрос о том, может ли более широкое использование этих наследственных вариантов пшеницы у генетически предрасположенных людей снизить CeD нуждается в дальнейшей оценке, но частота диагностируемых CeD в детском возрасте была связана с количеством глютена в рационе [36].

Вклад Авторов: G.E.V., T.G.D., A.K.U. и T.A. разработали исследование; A.R. провел аспирацию желудка и двенадцатиперстной кишки у добровольцев; R.R., G.M. и G.P. провели анализы; R.R. и T.A. проанализировали данные и написали рукопись; T.A., R.R., G.M., G.P., T.G.D., G.E.V., A.R., T.E.L., T.S.H., P.F. и A.K.U. внесли свой вклад в интерпретацию результатов и пересмотр рукописи. Все авторы ознакомились с опубликованной версией рукописи и согласились с ней.

Финансирование: Данное исследование не получало внешнего финансирования.

Конфликт интересов: Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Источники

1. Lohi, S.; Mustalahti, K.; Kaukinen, K.; Laurila, K.; Collin, P.; Rissanen, H.; Lohi, O.; Bravi, E.; Gasparin, M.; Reunanen, A.; et al. Increasing prevalence of coeliac disease over time. Aliment. Pharmacol. Ther. 2007, 26, 1217–1225. [CrossRef] [PubMed]

2. Green, P.H.; Cellier, C. Celiac disease. New Engl. J. Med. 2007, 357, 1731–1743. [CrossRef] [PubMed]

3. Katz, K.D.; Rashtak, S.; Lahr, B.D.; Melton, J.L.I.; Krause, P.K.; Maggi, K.; Talley, N.J.; Murray, J.A. Screening for celiac disease in a north american population: Sequential serology and gastrointestinal symptoms. Am. J. Gastroenterol. 2011, 106, 1333–1339. [CrossRef] [PubMed]

4. Schalk, K.; Lexhaller, B.; Koehler, P.; Scherf, K.A. Isolation and characterization of gluten protein types from wheat, rye, barley and oats for use as reference materials. PLoS ONE 2017, 12, e0172819. [CrossRef] [PubMed]

5. Kagnoff, M.F. Celiac disease: Pathogenesis of a model immunogenetic disease. J. Clin. Investig.

2007, 117, 41–49. [CrossRef]

6. Sollid, L.M. Coeliac disease: Dissecting a complex inflammatory disorder. Nat. Rev. Immunol. 2002, 2, 647. [CrossRef]

7. Karell, K.; Louka, A.S.; Moodie, S.J.; Ascher, H.; Clot, F.; Greco, L.; Ciclitira, P.J.; Sollid, L.M.; Partanen, J.; Members of the European Genetics Cluster on Celiac Disease. HLA types in celiac disease patients not carrying the DQA1* 05-DQB1* 02 (DQ2) heterodimer: Results from the European Genetics Cluster on Celiac Disease. Hum. Immunol. 2003, 64, 469–477. [CrossRef]

8. Trynka, G.; Hunt, K.A.; Bockett, N.A.; Romanos, J.; Mistry, V.; Szperl, A.; Bakker, S.F.; Bardella, M.T.; Bhaw-Rosun, L.; Castillejo, G.; et al. Dense genotyping identifies and localizes multiple common and rare variant association signals in celiac disease. Nat. Genet. 2011, 43, 1193. [CrossRef]

9. Shewry, P.R.; Halford, N.G.; Lafiandra, D. Genetics of wheat gluten proteins. Adv. Genet. 2003, 49, 111–184.

10. Shan, L.; Molberg, Ø.; Parrot, I.; Hausch, F.; Filiz, F.; Gray, G.M.; Sollid, L.M.; Khosla, C. Structural basis for gluten intolerance in celiac sprue. Science 2002, 297, 2275–2279. [CrossRef]

11. Stepniak, D.; Vader, L.W.; Kooy, Y.; van Veelen, P.A.; Moustakas, A.; Papandreou, N.A.; Eliopoulos, E.; Drijfhout, J.W.; Papadopoulos, G.K.; Koning, F. T-cell recognition of HLA-DQ2-bound gluten peptides can be influenced by an N-terminal proline at p-1. Immunogenetics 2005, 57, 8–15. [CrossRef] [PubMed]

12. Arentz-Hansen, H.; Körner, R.; Molberg, Ø.; Quarsten, H.; Vader, W.; Kooy, Y.M.; Lundin, K.E.A.; Koning, F.; Roepstorff, P.; Sollid, L.M.; et al. The intestinal T cell response to α-gliadin in adult celiac disease is focused on a single deamidated glutamine targeted by tissue transglutaminase. J. Exp. Med. 2000, 191, 603–612. [CrossRef] [PubMed]

13. Sjostrom, H.; Lundin, K.E.; Molberg, O.; Korner, R.; McAdam, S.N.; Anthonsen, D.; Quarsten, H.; Norén, O.; Roepstorff, P.; Thorsby, E.; et al. Identification of a gliadin T-cell epitope in coeliac disease: General importance of gliadin deamidation for intestinal T-cell recognition. Scand. J. Immunol. 1998, 48, 111–115. [CrossRef]

14. Gianfrani, C.; Camarca, A.; Mazzarella, G.; Di Stasio, L.; Giardullo, N.; Ferranti, P.; Picariello, G.; Aufiero, V.R.; Picascia, S.; Troncone, R.; et al. Extensive in vitro gastrointestinal digestion markedly reduces the immune-toxicity of triticum monococcum wheat: Implication for celiac disease. Mol. Nutr. Food Res. 2015, 59, 1844–1854. [CrossRef]

15. Huang, S.; Sirikhachornkit, A.; Su, X.; Faris, J.; Gill, B.; Haselkorn, R.; Gornicki, P. Genes encoding plastid acetyl-CoA carboxylase and 3-phosphoglycerate kinase of the Triticum/Aegilops complex and the evolutionary history of polyploid wheat. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 8133–8138. [CrossRef] [PubMed]

16. Li, A.; Liu, D.; Yang, W.; Kishii, M.; Mao, L. Synthetic hexaploid wheat: Yesterday, today, and tomorrow.

Engineering 2018, 4, 552–558. [CrossRef]

17. Wieser, H. Comparative investigations of gluten proteins from different wheat species. III. N-terminal amino acid sequences of α-gliadins potentially toxic for coeliac patients. Eur. Food Res. Technol. 2001, 213, 183–186.

18. Deng, Y.; Gruppen, H.; Wierenga, P.A. Comparison of protein hydrolysis catalyzed by bovine, porcine, and

human trypsins. J. Agric. Food Chem. 2018, 66, 4219–4232. [CrossRef]

19. Sollid, L.M.; Qiao, S.-W.; Anderson, R.P.; Gianfrani, C.; Koning, F. Nomenclature and listing of celiac disease relevant gluten T-cell epitopes restricted by HLA-DQ molecules. Immunogenetics 2012, 64, 455–460. [CrossRef]

20. McCleary, B.; Gibson, T.; Solah, V.; Mugford, D. Total starch measurement in cereal products: Interlaboratory evaluation of a rapid enzymic test procedure. Cereal Chem. 1994, 71, 501–504.

21. Ulleberg, E.K.; Comi, I.; Holm, H.; Herud, E.B.; Jacobsen, M.; Vegarud, G.E. Human gastrointestinal juices intended for use in in vitro digestion models. Food Dig. 2011, 2, 52–61. [CrossRef] [PubMed]

22. Minekus, M.; Alminger, M.; Alvito, P.; Ballance, S.; Bohn, T.; Bourlieu, C.; Carrière, F.; Boutrou, R.; Corredig, M.; Dupont, D.; et al. A standardised static in vitro digestion method suitable for food—An international consensus. Food Funct. 2014, 5, 1113–1124. [CrossRef] [PubMed]

23. Molberg, Ø.; Mcadam, S.N.; Körner, R.; Quarsten, H.; Kristiansen, C.; Madsen, L.; Fugger, L.; Scott, H.; Norén, O.; Roepstorff, P.; et al. Tissue transglutaminase selectively modifies gliadin peptides that are recognized by gut-derived T cells in celiac disease. Nat. Med. 1998, 4, 713. [CrossRef] [PubMed]

24. van de Wal, Y.; Kooy, Y.; van Veelen, P.; Peña, S.; Mearin, L.; Papadopoulos, G.; Koning, F. Cutting edge: Selective deamidation by tissue transglutaminase strongly enhances gliadin-specific T cell reactivity.

J. Immunol. 1998, 161, 1585–1588.

25. Ciccocioppo, R.; Di Sabatino, A.; Corazza, G.R. The immune recognition of gluten in coeliac disease.

Clin. Exp. Immunol. 2005, 140, 408–416. [CrossRef]

26. Mamone, G.; Ferranti, P.; Rossi, M.; Roepstorff, P.; Fierro, O.; Malorni, A.; Addeo, F. Identification of a peptide from α-gliadin resistant to digestive enzymes: Implications for celiac disease. J. Chromatogr. B 2007, 855, 236–241. [CrossRef]

27. Gianfrani, C.; Siciliano, R.A.; Facchiano, A.M.; Camarca, A.; Mazzeo, M.F.; Costantini, S.; Salvati, V.M.; Maurano, F.; Mazzarella, G.; Iaquinto, G.; et al. Transamidation of wheat flour inhibits the response to gliadin of intestinal T cells in celiac disease. Gastroenterology 2007, 133, 780–789. [CrossRef]

28. Asledottir, T.; Picariello, G.; Mamone, G.; Ferranti, P.; Roseth, A.; Devold, T.G.; Vegarud, G.E. Degradation of beta-casomorphin-7 through in vitro gastrointestinal and jejunal brush border membrane digestion.

J. Dairy Sci. 2019, 102, 8622–8629. [CrossRef]

29. Prandi, B.; Tedeschi, T.; Folloni, S.; Galaverna, G.; Sforza, S. Peptides from gluten digestion: A comparison between old and modern wheat varieties. Food Res. Int. 2017, 91, 92–102. [CrossRef]

30. Malalgoda, M.; Meinhardt, S.W.; Simsek, S. Detection and quantitation of immunogenic epitopes related to celiac disease in historical and modern hard red spring wheat cultivars. Food Chem. 2018, 264, 101–107. [CrossRef]

31. Molberg, Ø.; Uhlen, A.K.; Sollid, L.M.; Jensen, T.; Flæte, N.S.; Arntz-Hansen, H.; Raki, M.; Lundin, K.E.A.; Sollid, L.M. Mapping of gluten T-cell epitopes in the bread wheat ancestors: Implications on celiac disease. Gastoenterology 2005, 128, 393–401. [CrossRef] [PubMed]

32. Dorum, S.; Steinsbo, O.; Bergseng, E.; Arntzen, M.O.; de Souza, G.A.; Sollid, L.M. Gluten-specific antibodies of celiac disease gut plasma cells recognize long proteolytic fragments that typically harbor T-cell epitopes. Sci Rep. 2016, 6, 25565. [CrossRef] [PubMed]

33. Hüe, S.; Mention, J.-J.; Monteiro, R.C.; Zhang, S.; Cellier, C.; Schmitz, J.; Verkarre, V.; Fodil, N.; Bahram, S.; Cerf-Bensussan, N.; et al. A direct role for NKG2D/MICA interaction in villous atrophy during celiac disease. Immunity 2004, 21, 367–377. [CrossRef] [PubMed]

34. Maiuri, L.; Ciacci, C.; Ricciardelli, I.; Vacca, L.; Raia, V.; Auricchio, S.; Picard, J.; Osman, M.; Quaratino, S.; Londei, P.M. Association between innate response to gliadin and activation of pathogenic T cells in coeliac disease. Lancet 2003, 362, 30–37. [CrossRef]

35. Barone, M.V.; Zanzi, D.; Maglio, M.; Nanayakkara, M.; Santagata, S.; Lania, G.; Miele, E.; Ribecco, M.T.S.; Maurano, F.; Auricchio, R.; et al. Gliadin-mediated proliferation and innate immune activation in celiac disease are due to alterations in vesicular trafficking. PLoS ONE 2011, 6, e17039. [CrossRef]