Ново-Соловецкая Марчуговская пустынь в Фаустово была воздвигнута по желанию царя Алексея Михайловича в 1650-е годы, и главную роль в ее основании сыграл духовник царя протопоп Стефан Вонифатьев.
В допетровскую эпоху в Московском государстве первенствующее положение среди столичного духовенства занимали протопопы Благовещенского собора Кремля, которые одновременно были царскими духовниками. Ни одно событие в царской семье не обходилось без духовника, в том числе важная роль отводилась ему при обряде венчания на царство. Нередко царские духовники влияли и на политические дела.
Протопоп Стефан Вонифатьев был первым духовником царя Алексея Михайловича с 1645 по 1656 годы. Вонифатьев слыл священником строгой жизни и был высоко образован по меркам того времени. Духовник наставлял молодого царя не только в вопросах веры, но и в государственных делах. Царский духовник был столь влиятелен, что мог спорить с патриархом Иосифом, считая того отсталым и слабым. Протопоп Стефан Вонифатьев в те годы был, по сути, самым могущественным духовным лицом в государстве, но скоро у него появился сильный соперник.
В те же годы группа образованных священников, монахов и мирян, желавших преобразований в церковной жизни, образовали "кружок ревнителей благочестия". В кружок входили протопопы Стефан Вонифатьев, Иван Неронов, Аввакум Петров, Даниил Костромской, епископ Павел Коломенский, боярин Федор Ртищев и другие. Сочувствовал идеям кружка и новгородский архиепископ Никон.
В 1652 году в Москве готовились выборы нового патриарха, и царский духовник Стефан считался одним из возможных претендентов. Однако он и ранее столкнулся с волевым и властным епископом Никоном, который постепенно отстранил царского духовника на второй план, и сам стал ближайшим к царю духовным лицом. Никон в итоге был избран патриархом, после чего отстранил Вонифатьева от исправления церковных книг, отдав это дело "киевским старцам".
Церковные реформы Никона привели к расколу. Бывшие члены кружка ревнителей благочестия протопопы Аввакум и Неронов не приняли нововведений. Стефан Вонифатьев занял уклончивую позицию и был впоследствии посредником между "раскольниками" и Никоном. В итоге, к старообрядцам он все-таки не примкнул, но от Аввакума заслужил лестный отзыв "муж благоразумен и житием добродетелен".
В 1654 году в Москву пришла эпидемия чумы, от которой погибло множество представителей духовенства. Стефана Вонифатьева болезнь не тронула, и, как считается, в благодарность Богу за спасение он в том же году основал в Подмосковье пустынь в честь Зосимы и Савватия. Стефан особо почитал соловецких чудотворцев, и в конце жизни даже принял монашеский постриг с именем Савватий.
Изначально Стефан Вонифатьев поставил пустынь в урочище "Спасское озеро" примерно в пяти верстах от села Марчуги. От этого соседства, вероятно, обитель получила второе название "Марчуговская пустынь". В 1655 году деревянные храмы и кельи были смыты разливом реки Москвы, поэтому протопоп Стефан стал искать другое место. В пяти верстах к северу от Спасского озера он приметил малолюдную деревню Фаустово, и в 1657 году Ново-Соловецкая пустынь была отстроена второй раз - уже на нынешнем ее месте.
В приходе упомянутого села Марчуги в деревне Косяково издавна стояла деревянная часовня, в которой хранились чтимые, как их называли "монастырские" иконы: святителя Николая Чудотворца, Параскевы-Пятницы и Спаса Нерукотворного. По преданию, эти иконы находились ранее в монастырском храме Марчуговской пустыни до уничтожения его разливом реки. В 1898 году в Косяково вместо часовни был построен новый храм, и "монастырские иконы" перенесли в новое здание церкви. К сожалению, в 1930-е годы церковь в Косяково была разобрана.
С давних времен Соловецкой пустыни принадлежала часовня при Москворецком мосту в Москве, где хранился другой древний список образа Спаса Нерукотворного. До революции это был один из самых почитаемых образов в Москве, от которого совершались многочисленные исцеления.
В 1765 году Соловецкая пустынь в Фаустово была упразднена, а ее храмы стали приходскими. Московская часовня в том же году была приписана к другой подмосковной обители - Давидовой пустыни. Архимандрит Соловецкого монастыря не согласился с этим решением, и споры о том, кому же должна принадлежать часовня у Москворецкого моста, продолжались еще почти 10 лет до 1774 года. В конце концов, московская часовня была оставлена все-таки за Давидовой пустынью.
Почти 40 лет с 1870 по 1908 годы настоятелем Троицкой церкви в Фаустово в бывшей Ново-Соловецкой пустыни был священник Александр Григорьевич Зверев. В годы его служения был обновлен старинный Троицкий храм и открыта церковно-приходская школа. Первое время занятия велись в тесной церковной сторожке. Затем на средства знаменитого адвоката Федора Плевако, у которого было имение в Бронницком уезде, было построено удобное здание. Однако из-за отсутствия печей занятия в этом здании не велись почти 10 лет. Наконец, в 1901 году протоиерей Зверев смог найти деньги на устройство отопления.
В том же 1901 году церковный староста И. К. Червяков собрал средства на ремонт Троицкого храма, построенного еще в конце XVII столетия. Червяков нашел опытных иконописцев, чтобы грамотно возобновить и "промыть" старинные иконы. Эти иконы сохранялись, вероятно, со времен основания Ново-Соловецкой пустыни, то есть в годы расцвета русской иконописи. Такое внимательное и трепетное отношение к старине по тем временам было довольно редким явлением: обычно старые иконы просто "замазывали" новым письмом. Перед началом реставрационных работ в Фаустово даже приезжал для консультаций известный археолог и историк искусств Александр Успенский.
Священник Александр Зверев был погребен у алтаря Троицкой церкви бывшей Ново-Соловецкой пустыни. Его надгробие в виде аналоя с книгой сохранилось до настоящего времени. Также уцелело и надгробие родного брата священника врача Владимира Григорьевича Зверева, который был похоронен здесь же. Два сына священника Зверева стали новомучениками в XX веке. Родной сын Александр был расстрелян в 1937 году, а приемный сын Иоанн Березкин скончался в лагере.
В настоящее время в Фаустово сохранились колокольня и две церкви конца XVII века: Троицкий собор с нижним храмом Благовещения и надвратная церковь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, которая поставлена ближе к берегу старицы реки Москвы. Эти храмы внешне мало похожи на Соловецкие церкви. Правда, исследователь архитектуры Наталья Мерзлютина отмечала одну общую деталь в облике глав Троицкой церкви в Фаустово и Преображенского собора на Соловках: барабан главного купола у этих двух храмов граненый, а четыре барабана боковых главок цилиндрические.
Фаустово прежде относилось к Бронницкому уезду, а теперь - к Воскресенскому району. От одноименной станции пустынь находится примерно в 1 километре. В настоящее время это подворье Спасо-Преображенского Соловецкого монастыря.