Единственным непосредственным союзником Третьего рейха, принявшим участие в нападении на Польшу 1 сентября 1939 года являлась Словацкая республика. Она образовалась в результате реализации Мюнхенского договора, подписанного в 1938 году Германией, Великобританией, Францией и Италией. В марте 1939 года Чехословакия была оккупирована немецкими войсками и ликвидирована, были образованы Протекторат Богемии и Моравии и Словацкая республика.
Словацкая глинковская партия наладила сотрудничество с Берлином ещё до падения Чехословакии, ставя своей целью максимальную автономию Словакии или её независимость, поэтому она рассматривалась немецкими национал-социалистами как союзник. Лидером партии, а затем и президентом Словацкой республики являлся Йозеф Тисо (1887 —18 апреля 1947).
Во внутренней политике Словакия постепенно шла курсом нацистской Германии. В Словакии были приняты «расовые законы», началось преследование евреев и «ариизация их имущества». В ходе Второй мировой войны, примерно три четверти евреев Словакии было направлено в концлагеря.
При этом словаки участвовали активно в соглашениях с Советским Союзом.
23 июня 1941 г. Словакия объявила войну СССР, и 26 июня на Восточный фронт был отправлен Словацкий экспедиционный корпус (от 41 до 50 тыс. военнослужащих). Его командиром был генерал Фердинанд Чатлош. Корпус был включён в состав группы армий «Юг». В его составе было две пехотные дивизии (1-я и 2-я).
Словаки участвовали в боях на Украине, Кавказе. Занимались карательными экспедициями на Украине и в Белоруссии. Осенью 1943 года, из-за участившихся случаев дезертирства (несколько соединений целиком перешли с оружием на сторону партизан) 2-ю словацкую дивизию расформировали и направили в Италию в качестве строительной бригады.
29 августа – 28 октября 1944 года в Словакии проходило национальное восстание. Большую роль в организации восстания сыграли десантированные в Словакии советские группы. Так, до конца войны в Словакию было направлено 53 организационные группы численностью более 1 тыс. человек. К середине 1944 года в словацких горах было сформировано два крупных партизанских отряда — «Чапаев» и «Пугачёв». В начале восстания в рядах повстанцев было около 18 тыс. человек, концу сентября повстанческая армия насчитывала уже около 60 тыс. бойцов.
В подавлении восстания участвовало до 80 тыс. немецких солдат. Восстание было преждевременным, так как советские войска ещё не могли оказать значительную помощь восставшим. 24 октября вермахт занял центры сосредоточении повстанческих сил - Брезно и Зволен. 27 октября 1944 года вермахт занял «столицу» повстанцев – г. Банску-Бистрицу и словацкое восстание было подавлено.
В начале ноября в плен попали руководители восстания - дивизионный генерал Рудольф Виест и глава сухопутных сил Словакии Ян Голиан. Немцы их казнили в концентрационном лагере Флоссенбюрг в начале 1945 года.
Остатки повстанческих сил продолжили сопротивление в партизанских отрядах и по мере продвижения советских войск помогали наступающим красноармейцам. В условиях общего отступления вермахта и его союзников 3 апреля правительство Словацкой республики прекратило своё существование. 4 апреля 1945 г. войска 2-го Украинского фронта освободили Братиславу, Словакия снова была провозглашена частью Чехословакии.