Пока русские закреплялись на нижней и средней Оби, события на юге шли своим чередом. Изгнанный из Кашлыка хан Кучум кочевал на южной окраине бывшего своего ханства, опираясь на ногаев и Бухару. Летом 1590 года Кучум совершил набег на сибирские земли. Его воины разграбили татарские селения возле Тобольска, по Вагаю и Ишиму. Убито было немало татар, подчинившихся власти русского царя. Кучум мстил сибирским татарам, которые изменили ему, помогли Сейдяку занять Кашлык, а затем передались русским. Поэтому ненавидевшие Кучума сибирские татары охотно принимали участие в русских походах на бывшего сибирского хана. В 1591 г. тобольский воевода князь Владимир Васильевич Кольцов-Масальский совершил поход на Кучума, в его отряде было множество местных татар. Отряд воеводы встретил Кучума у реки Ишим и разбил его войско, но Кучуму удалось бежать в Барабинскую степь.
Как водится, результаты победы нужно было закрепить построением нового опорного пункта. В 1594 году большое русское войско под началом воеводы князя Андрея Елецкого двинулось вверх по Иртышу. Войско насчитывало 1500 воинов: стрельцов, казаков, литвы, но большую часть его составляли татары – 400 поволжских татар и башкир из Уфы, Казани и Свияжска и 550 сибирских татар. Воеводе князю Андрею Васильевичу Елецкому был дан наказ: «Идти города ставить вверх Иртыша, на Тару-реку, где бы государю было впредь прибыльнее, чтобы пашню завести, и Кучума-царя истеснить». Половина войска плыла по реке на дощаниках, половина сопровождала суда по берегу.
Город был построен на высоком холме, подступы к которому прикрывали многочисленные речки и болота. Он находился в 30 верстах от впадения реки Тары в Иртыш, при слиянии р. Аркарки с Иртышем, но всё равно получил название Тарского города. В состав вновь образованного Тарского уезда вошли татарские улусы, расположенные по Иртышу от Тобольска до Тары.
По причине нехватки времени построенный город оказался меньше, чем планировалось. Часть его населения по нужде строилось за пределами острога. Однако это было серьёзное укрепление. Внутренний город в 42 квадратных сажени был обнесён стеной, состоящей из 116 городней — деревянных срубов, заполненных землёй, и пяти башен. Внешнюю линию укреплений составлял острог, защищённый высоким тыном, который был в длину 200, а в ширину 150 сажень. Здесь было шесть башен — четыре с проезжими воротами и две глухие.
Русские не отсиживались в новопостроенном городе, а приступили к активным действиям сразу же по окончании строительства. Сначала казак Гриша Ясырь (ермаковец) с отрядом в 90 человек произвёл разведку на 100 вёрст вверх по Иртышу. Выяснилось, что ставка Кучума находится в «Чёрном городке» выше устья реки Оми. Затем письменный голова Борис Доможиров с тремя сотнями воинов захватил Чёрный городок. Кучум опять бежал.
Весной 1595 года Доможиров с отрядом около 500 человек совершил на лыжах большой поход, пройдя до верховьев реки Омь и вышел в Барабинскую степь. Оттепель заставила русский отряд повернуть назад. Но результаты похода были велики: была покорена обширная область по долинам рек Тары и Оми.
Второй тарский воевода, сменивший Андрея Елецкого в 1595 году, Федор Елецкий продолжал дело своего предшественника. В 1596 году этот воевода во главе 467 человек служилых людей настиг Кучума в городе Тунусе и разбил его войско, но Кучум спасся бегством, служилые люди за этот подвиг получили награды по полтине на человека.
Кучум то и дело терял десятки и сотни своих воинов, некоторые его знатные приближённые сдались и признали русскую власть. Но хан Кучум не сдавался, надеясь на поддержку Бухары. Он осаждал правителя Бухары Абдуллах-хана просьбами о военной помощи. Но тому, занятому борьбой с Хорезмом, было не до Сибири. Но Кучум еще пользовался значительным влиянием между татарами; это видно из того, что в следующем году покоренные уже русским оружием татарские волости Тереня, Любарь и другие изменили Белому царю и стали на сторону Кучума. Русские власти в Таре получили сведения о том, что Кучум готовит нападение на этот город. Русские решили нанести упреждающий удар. В августе 1598 года 400 служилых людей – казаков, литвы, юртовских татар выступило в поход на Кучума. Поход возглавил товарищ тарского воеводы Андрей Воейков. Отряд восстановил русскую власть в отпавших волостях. От пленных узнали, что «царь Кучум кочует на реке Оби, где у него сеян хлеб».
По этим вестям воевода Воейков со своим отрядом, как он доносил в Москву, «покинув свой кош на озере Ике, пошел на царя Кучума наспех, и день и ночь, и сшол Кучума на Оби реке, выше Чат три днища, на лугу на Ормени». Ставку Кучума обнаружили близ устья р. Ирмень (левый приток Оби, в настоящее время Ордынский район Новосибирской области). На рассвете русское войско неожиданно атаковало и разгромило врага. У Кучума было более 500 воинов, но они не смогли оказать достойного сопротивления. Разгром был полный: 150 воинов Кучума легли на месте, около сотни потонуло при переправе через Обь, пало 20 представителей знати (князей, мурз, аталыков). Погибли брат и сын Кучума, двое детей царевича Алея. В плен попали пятеро младших сыновей Кучума, восемь ханских жён с восемью дочерьми, две невестки Кучума, два внука и две внучки. Кроме того были пленены пять князей и мурз и 50 простых воинов. Последних победители тут же казнили.
Но самому Кучуму опять удалось спастись бегством. Во время боя он переправился в небольшой лодке через Обь. Вскоре к нему присоединились трое старших сыновей и несколько десятков воинов. Воейков пытался настигнуть беглецов. «Плавал я, – писал он царю, – на плотах по Оби и за Обью-рекою, по лесам искал Кучума и нигде не нашел». Когда русские ушли, Кучум с приближёнными вернулись на место битвы и два дня хоронили павших.
Воеводы послали к разгромленному хану его приближённого и вновь предложили ему покориться русскому царю. Но Кучум вновь отказался! Глухой, слепой, утративший свои владения и имущество, потерявший свою семью, он остался непреклонен. «Не поехал-де я к государю по государеве грамоте своею волею, в кою-де пору я был совсем цел, а за саблей мне-де к государю ехать не по что, а нынче-де я стал глух и слеп и безо всего живота: взяли-де у меня промышленника сына моего, Асманак царевича, хоть бы у меня-де всех детей поимали, а один бы-де у меня остался Асманак и я бы при нем еще пожил, а теперь иду в Нагаи, а сына своего посылаю в Бухары». Таков был его ответ.
Дальнейшая судьба Кучума точно не известна. По некоторым сведениям, он, собрав своих уцелевших улусных людей, пытался угнать стада у калмыков, но был ими разбит. После того хан пытался найти прибежище в ногайских кочевьях. Опасаясь, что вслед за Кучумом к ним пожалуют русские, ногайцы его убили. Так или иначе этот опасный враг окончил свои дни, а вместе с ним исчезла главная угроза русскому господству в Сибири. Сыновья и внуки Кучума впоследствии продолжали борьбу с русскими, предпринимали набеги на сибирские земли вместе с калмыками. Но они далеко не имели его авторитета бывшего сибирского хана и не были столь опасны.
Таким образом, цель постройки города Тары «истеснить Кучума» была вполне достигнута, в несколько лет с Кучумом покончили. А Тара полтора века после того была важным опорным пунктом русской колонизации на степной границе Сибири.