С 1921 по 1965 год Павловский занимал должность профессора Военно медицинской академии. На этом посту он не только передавал знания будущим врачам, но и активно развивал научные исследования в области зоологии и паразитологии.
Е.Н. Павловский создатель учения о природной очаговости трансмиссивных болезней человека. Под его руководством были проведены многочисленные комплексные экспедиции в Среднюю Азию, Закавказье, в Крым, на Дальний Восток и другие районы СССР для изучения эндемичных паразитарных и трансмиссивных заболеваний – клещевого возвратного тифа, клещевого энцефалита, москитной лихорадки, лейшманиозов и других болезней.
Исследования, проведённые Павловским и его учениками, позволили не только описать механизмы распространения этих инфекций, но и разработать научно обоснованные меры профилактики и борьбы с ними.
