Современное английское clue "подсказка", "улика", изначально значило совсем не то, что сегодня. В XV веке это было просто альтернативное написание слова clew "клубок ниток или пряжи", от древнеанглийского clīewen "шар", "моток".
Смена написания с clew на clue произошла под влиянием французских заимствований, например, due, virtue, sue. В итоге даже родные германские слова стали писать по-французски, так и появились формы hue, true, хотя раньше они писались как hew, trew.
Переносное значение появилось из мифа о Тесее и Ариадне: по легенде, Ариадна дала Тесею клубок ниток, чтобы тот смог выбраться из лабиринта после убийства Минотавра. Так clew of thread стало символом путеводной нити, указания, помогающего выбраться из запутанной ситуации.
К XVII веку слово уже употреблялось в переносном смысле “that which points the way” (то, что указывает путь), а к XX веку закрепилось за значением "улика" в расследованиях.