Поначалу в Сибирь русские пришли за пушным ясаком и с целью разгрома угрожавшего им Сибирского ханства, но постепенно, обжившись на новых землях, они обратили внимание и на другие богатства Сибири, в частности, на плодородные земли сибирских степей, которые уже были заняты воинственными сибирскими татарами и калмыками и для защиты новосёлов от них в 1594 году у слияния рек Аркарка и Иртыш была построена Тарская крепость, ставшая на 200 лет центром освоения сибирской степи.
Первую русскую крепость в сибирской степи воевода Андрей Елецкий строил в большой спешке, ведь совсем рядом с ним находилось войско сибирского хана Кучума, но качественно, так как понимал, что слабая крепость татарского натиска не остановит. В условиях непрекращающихся боевых действий войско Андрея Елецкого численностью в 1500 человек и состоявшее из стрельцов, казаков, а также пленных литовцев, башкир и татар, срубило квадратную крепость из двух линий обороны, первая из которых, именуемая острогом, состояла из заполненных землёй городен и имела 6 башен, из которых четыре были проездными, за которой начинался городской посад, жители которого в случае прорыва укреплений острога укрывались в цитадели Тары (кремле) с пятью башнями, имелась также в Таре и передвижная башня с пушками. Новая крепость оказалась не по зубам хану Кучуму, который так и не смог её взять, хотя осаждал неоднократно, а в 1598 году Тара стала базой для отряда воеводы Андрея Воейкова, который 20 августа 1598 года разбил войска хана Кучума в битве на реке Ирмень, чем навсегда покончил с Сибирским ханством.
После победы над ханом Кучумом в Ирменском сражении в 1598 спокойнее в сибирской степи не стало, его многочисленные потомки продолжили совершать набеги на округу Тарской крепости, сжигая деревни колонистов и не раз нападая на её саму, а с начала XVII века нападать на Тарскую крепость начали джунгары, завершившие к тому времени процесс объединения в единое государство и поведшие масштабную экспансию. Всю первую половину XVII века за Тарскую крепость продолжались жестокие бои между русскими с одной стороны и татарами с джунгарами - с другой, особенно запомнилась осада Тары джунгарами в 1634 году, когда они хоть и сумели поджечь стену острога, но не смогли пробиться внутрь, неудачей окончился и штурм Тары джунгарами со стороны Аркарки, а в ходе двух вылазок тарский гарнизон сумел отбить всех взятых джунгарами пленных, после чего джунгары отошли от города. В дальнейшим накал боевых действий в районе Тары пошёл на спад, последний раз Тарскую крепость осаждали в 1667 году сибирские татары, которые хоть и сожгли деревни у стен Тары и порубили крестьян, не успевших укрыться за крепостными стенами, не смогли ничего сделать с самой крепостью и ушли восвояси.
Прекращение боевых действий за овладение сибирской степью положительно сказалось на развитии Тары, она начала расти, в конце XVII века тарский посад вышел за пределы городских стен. Сильно помешали процветанию Тары пожары (самые крупные - в 1669 и 1709 годах), а также Тарский бунт 1722 года, когда тарцы взбунтовались, отказавшись присягать неназванному по имени преемнику Петра I. В ходе мятежа Тара оказалась порядком порушена, её крепость срыта, 300 человек были казнены, ещё больше - отправлены в ссылку и на каторгу, в том числе в Омскую крепость, будущий город Омск, ставший новым центром освоения сибирской степи.