Основанный в 1290 году королём Динишем, Лиссабонский университет так и не сумел за первые два столетия своего существования утвердиться как полноценный центр высшего богословского образования. Уже на раннем этапе его развитие было серьёзно ограничено папской политикой: Николай IV категорически запретил преподавание теологии. Формально этот запрет соблюдался не всегда, однако его последствия были вполне реальными. В 1380 году папа Климент VII отказал лиссабонским богословам в праве facultas ubique docendi — официальном разрешении преподавать в других университетах христианского мира.
Учиться в Лиссабоне всё же приезжали монахи нищенствующих орденов, включая цистерцианцев из крупнейшего португальского монастыря Санта-Мария в Алкобасе. Но даже в этом случае диплом местного университета не считался достаточным: ни один португальский монах не признавался зарубежными собратьями полноценным теологом, если не прошёл обучение за пределами королевства. Одной из причин такого недоверия было слабое владение латынью среди значительной части португальского духовенства — языка, без которого невозможно было участвовать в общеевропейской интеллектуальной жизни.
В результате монашеские ордена предпочитали отправлять самых способных учеников в ведущие университеты Европы — прежде всего в Париж и Оксфорд. Ректорат Лиссабонского университета жаловался на эту практику ещё в 1440 году, однако изменить ситуацию не смог: отток студентов за границу продолжался и в XV, и в XVI веках.
Дополнительным препятствием для развития стало и постоянное вмешательство короны. Университет неоднократно по воле монарха переносили из Лиссабона в Коимбру и обратно, что подрывало устойчивость преподавания и академических традиций. Лишь в 1537 году он окончательно обосновался в Коимбре, однако и тогда его интеллектуальный уровень, по общему признанию, уступал ведущим университетам Европы — Парижу, Оксфорду, Саламанке и Болонье