Мисо делают путем варки зерна или бобовых – обычно риса, иногда ячменя, сои – и ферментации его в мелких лотках с добавлением основы коджи в течение нескольких дней для развития ферментов. Полученный коджи затем смешивают с соевыми бобами, солью (5–15 %) и частью более ранней партии мисо (для обеспечения бактериями и дрожжами). При традиционном приготовлении смеси дают возможность ферментироваться (и созревать) в бочках в течение от нескольких месяцев до нескольких лет при температуре 30–38 °C. Различные молочнокислые бактерии (Lactobacilli, Pediococci) и солеустойчивые дрожжи (Zygosaccharomyces, Torulopsis) разрушают семенные белки, углеводы и масла и производят множество ароматических молекул и предшественников аромата. Реакции Майяра порождают более глубокие слои вкуса и цвета.
Традиционно сделанный мисо обладает богатым, соленым, сложным вкусом, в котором доминируют сладкие и жареные ноты, а иногда и эфиры, напоминающие ананас и другие фрукты. Современное промышленное производство сокращает ферментацию и созревание от нескольких месяцев до нескольких недель и компенсирует отсутствие вкуса и цвета различными добавками.