Бортэ происходила из омонголившегося тунгусского клана олхонут, который являлся частью племени кунгратов. Предположительно, она родилась либо в 1154, либо в 1161 году. Точная дата её рождения зависит от того, какая датировка рождения её будущего мужа считается более достоверной. Известно, что Бортэ была на один год старше Тэмуджина, впоследствии известного как Чингисхан.
Когда Тэмуджину было около девяти лет, его отец решил найти ему подходящую невесту. Первоначально он намеревался выбрать ему жену из племени своей собственной супруги Оэлун. Однако, во время одной из поездок он встретил Дэй-Сечена, вождя дружественного кочевого объединения – кунгратов.
Дэй-Сечен рассказал о необычном знамении, которое он увидел прошлой ночью: «Мы, унгиратское племя, // С древних времен знамениты // Красою и статностью дев от жены-унгиратки. // Брани не любим, но дев своих милых // К вашим ханам в подруги везем». Это цитата из "Сокровенного сказания монголов". Он утверждал, что видел сокола, державшего в когтях солнце и луну. Впоследствии Дэй-Сечен предложил хану Есугею руку своей дочери для его сына Тэмуджина. «Сокровенное сказание монголов» описывает Бортэ как девочку, «у которой был свет на лице, у которой был огонь в глазах». Таким образом, первое утверждение говорит о её красоте, а второе – об уме. Хан и его сын провели ночь в гостях у дружественного племени, после чего было достигнуто соглашение о браке между Тэмуджином и Бортэ.
Дэй-Сечен отказался от традиционного выкупа за невесту, но попросил, чтобы Тэмуджин остался жить в его семье. По возвращении из этой поездки Есугей принял участие в пире, организованном татарами. Во время пира его отравили, но перед кончиной он попросил вернуть Тэмуджина, чтобы успеть уладить важные дела...
Семья Есугея, лишившись кормильца, столкнулась с тяжелыми временами. В последующие годы им пришлось голодать, а его первенец неоднократно попадал в рабство. Несмотря на это, юноше удалось вырваться на свободу и вернуться к своему будущему тестю. Вождь кунгратов, не рассчитывая на какие-либо политические выгоды, все же решил сдержать обещание, данное покойному. Таким образом, состоялась свадьба Тэмуджина и Бортэ. В качестве приданого молодая жена принесла с собой шубу из черного соболя. Молодой муж, в свою очередь, преподнес этот ценный подарок влиятельному Ван-хану, чтобы напомнить ему о давней дружбе с его отцом, Есугеем.
Точная последовательность событий нам не известна, однако вскоре после этого на стоянку напали меркиты. Этот набег можно охарактеризовать как "отложенную месть". Меркиты решили поквитаться с сыном за деяния его отца, который много лет назад похитил невесту из их племени.
Чингисхан, не готовый к внезапному нападению, сумел спастись бегством на лошади. Члены его семьи последовали его примеру. Однако для Бортэ не нашлось коня, и один из слуг попытался вывезти её на старой телеге, запряженной быком. Тем не менее, телега сломалась, и в конечном итоге меркиты настигли их.
Несмотря на это трагическое событие, муж пленницы не поддался унынию. Он признался, что его сердце "разрывается на части", но не опустил руки. Он сумел заключить союз с кереитами Ван-хана и монголами, подчинившимися его побратиму Джамухе. Спустя восемь месяцев после нападения, меркиты были разгромлены в результате ночной кавалерийской атаки.
В свете луны Тэмуджин с трудом отыскал свою любимую жену. Даже средневековые монгольские авторы были убеждены, что после плена Бортэ вернулась беременной. Её первенца, Джучи, будущего основателя Золотой Орды, на протяжении долгих лет называли "меркитским подарком". Такая репутация стала препятствием на пути к его избранию великим ханом, но не помешала ему стать родоначальником самого устойчивого из государств, основанных чингизидами.
С тех пор Бортэ и Тэмуджин больше не разлучались. Плодовитая супруга подарила мужу четырех сыновей и пятерых дочерей. Сыновья стали верными соратниками отца в процессе создания Монгольской империи и правителями ее улусов. Дочери были выданы замуж за ключевых политических союзников, что значительно укрепило власть Чингисхана.
По мере взросления детей росло и влияние Бортэ. Однако её заслуги не ограничивались только рождением наследников. Сначала она помогала своей свекрови в управлении лагерем и хозяйством. Затем она взяла на себя единоличное управление этими вопросами.
Во время завоевательных походов мужа Бортэ оставалась в Монголии и была её единоличным гражданским правителем. В то же время военные вопросы решал Тэмуге, один из младших братьев великого хана. Именно благодаря её вескому слову Чингисхан разорвал союз с Джамухой, который давно утратил свою ценность. Также, по её настоянию, был наказан старший из шаманов, Теба Тенгри, за неуважительные высказывания в адрес семьи правителя.
Бортэ скончалась в 1230 году, спустя три года после смерти своего супруга. Монголы почитали её как мать народа и великую правительницу, главную опору Чингисхана. Несмотря на то, что у покорителя вселенной было много детей, империю унаследовали только её сыновья.