"И с казачьего пикета был уж виден Гималай".
Весной 1878 года туркестанский генерал-губернатор Константин Петрович фон Кауфман послал небольшой русский военный отряд под командованием генерал-майора Абрамова на перевал Иркештам, что вызвало осложнения российско-китайских отношений. Отряд должен был провести рекогносцировку и исследование ближайших к Иркештаму перевалов, где планировалась российско-китайская граница. Абрамов пригласил китайских чиновников принять участие в обозначении границы. 29 июня на перевал Иркештам прибыл амбань Дарын с войском, который заявил, что Иркештам принадлежит империи Цин. По приказу Кауфмана было построено небольшое укрепление на Иркештаме, чтобы обозначить принадлежность Российской империи. Оставив на Иркештаме пост Абрамов вернулся в Ферганскую область.
Укрепление Иркештам было построено в 1885 году. Колёсная дорога соединяла Иркештам с укреплением Гульча. До революции 1917 года в России через пограничный пост Иркештам велась активная торговля с Хотаном. Ввозились кожи, квасцы, шерсть, ковры и другие товары, а вывозились хлопчатобумажные ткани, краски, железо и другие товары.
22 октября 1919 года в селе Эркеш-Там состоялся съезд курбаши (лидеров местного басмачества), на котором было учреждено Временное Ферганское правительство.
В 1885 году в Ошском уезде, на правом берегу реки Кызыл-Су (ныне - Алайский район) было построено пограничное укрепление Иркештам. В плане оно представляло собой обширный прямоугольник, обнесенный высокой каменной стеной с бойницами и редутом в виде широкой башни. В последнем были казармы для сменного гарнизона из взвода казаков.
С давних времен эту местность пересекали важные торгово-экономические магистрали, связывавшие Индию и Китай со Средней Азией. Вся система дорог с юга - из Индии (Кашмир), Горного Бадахшана (Хорог) и Китая (Кашгар) сливалась в районе Иркештама у перевала Кызыл-Бель в единый путь, следующий через Гульчу и Ош, а затем далее - по городам Средней Азии.
Иркештам, запирая ущелье, по которому шел путь из Восточного Туркестана в Фергану, имел и важное экономическое значение. Укрепление прикрывало расположенный ниже него таможенный пост, стража которого досматривала провозимые товары и пресекала их контрабандный провоз.
Именно на контрольно-пропускном пункте укрепления Иркештам в октябре 1893 года произошло трагическое происшествие с убийством таможенных стражников Алайского отряда Ферганского таможенного отдела. Последним был задержан караван невестки Курманджан датки - Асель-аим, направлявшейся из Кашгара в Гульчу и провозивший чай, кисею и кораллы. После отказа предъявить груз для осмотра, его охрана завязала потасовку, в результате чего 4 таможенника (один из них - унтер-офицер Боровков, трое - служащие из числа местных жителей) были убиты. В организации контрабанды и убийства был обвинен младший сын Алайской царицы - Камчибек, вина которого полностью так и не была доказана. Несмотря на это, 2 марта 1895 года, в Оше Камчибек Алымбеков и его помощник - Палван Пехтыбаев были повешены.
С 1886 года Иркештам стал местопребыванием алайского волостного управителя. Три года спустя там стала функционировать метеорологическая, а с 1903 года - телеграфная станция. В октябре девятнадцатого в Иркештаме было сформировано контрреволюционное Временное правительство Ферганы во главе с курбаши Мадаминбеком.
В 20-30-х годах советские пограничники активно участвовали в разгроме басмаческих банд. В одном из таких боев погиб комиссар заставы Андрей Бесценный. Застава в 1967 году была названа его именем, а сам он - навечно занесен в список личного состава. В одной из казарм организован уголок памяти А. Бесценного, где хранятся его личные вещи - буденовка, шашка и портупея.
Приказом 6-го Ферганского пограничного отряда № 1 от 1 апреля 1924 года была образована отдельная пограничная застава "Иркештам" в составе Гульчинской пограничной комендатуры № 3. С распадом Советского Союза и образованием СНГ, 9 октября 1992 года между правительствами Республики Кыргызстан и Российской Федерации был подписан договор о передачи государственной границы. В соответствии с ним осенью 1998 года Иркештамская застава была передана из ведения Погранвойск ФСБ России.