В 1198 году Иннокентий III (правил 1198–1216) взошёл на папский престол. Будучи политически амбициозным человеком, он предложил высшую светскую цель, преследуемую последующими папами: папа как «Владыка мира». Он заявил, что статус папы как «преемника апостола Петра» не отражает его истинного положения; папа должен быть «истинным представителем Бога. Ибо хотя мы являемся преемниками главы апостолов, мы не являемся ни его представителями, ни представителями какого-либо апостола или личности, но представителями самого Иисуса Христа». Следовательно, власть папы исходила непосредственно от Бога, и все светские короли должны были подчиняться папе, получая от него светскую власть. Для достижения этой цели Иннокентий III не жалел усилий, доведя папскую власть до её исторического апогея.
В 1197 году, после смерти императора Генриха VI, борьба за престол повергла Германию в политический хаос. Иннокентий III воспользовался случаем, чтобы развязать гражданскую войну в Германии, вытеснив немецкие войска из Северной и Центральной Италии и вернув папские территории, ранее захваченные немецкими и итальянскими феодальными лордами. Затем он извлек выгоду из борьбы за престол, утверждая, что трон должен быть дарован Папой Римским. В 1208 году брат Генриха VI, Филипп, был убит Отто из рода Вельфов. Иннокентий III и Отто тайно достигли соглашения: Отто пообещал гарантировать безопасность Папской области и не вмешиваться в выборы немецких епископов, а Папа заявил о своей поддержке Отто и короновал его в 1209 году. Однако, получив трон, Отто немедленно нарушил соглашение и двинулся в Италию. Папа Римский отлучил Отто от церкви и возвел на престол молодого сицилийского принца, сына Генриха VI, известного как Фридрих II (правил в 1212–1250 годах). В 1214 году Отто потерпел поражение от короля Франции Филиппа II, и политическая ситуация в Германии полностью перешла в руки папы Иннокентия III. Он использовал благоприятную политическую ситуацию для расширения папской власти и вмешательства во внутренние дела западноевропейских стран. Он заставил подчиниться короля Франции Филиппа II (правил в 1180–1223 годах), короля Леона Афонсу IX, короля Португалии Санчо I, короля Арагона Петра II и короля Болгарии Карояна, выступал арбитром в спорах между Венгрией, Швецией и Норвегией и в конечном итоге поставил на колени короля Англии Иоанна.
В 1205 году умер архиепископ Кентерберийский, и местное духовенство избрало нового архиепископа, намереваясь обратиться к Папе Римскому с просьбой о его назначении. Однако король Англии Иоанн отверг это предложение, и под его влиянием был выбран другой человек. Обе стороны обратились к Папе. Папа воспользовался этой возможностью, чтобы расширить свою власть в Англии, назначив своего доверенного английского священника Стефана Лэнгтона архиепископом Кентерберийским. Король Иоанн отказался принять это. В 1212 году Папа сверг короля Англии, освободил английских подданных от присяги на верность королю и призвал английских дворян объединиться с королем Франции против Иоанна. В 1213 году король Иоанн был вынужден подчиниться Папе, приняв Лэнгтона в качестве архиепископа Кентерберийского, компенсировав Церкви убытки и признав себя вассалом Папы, выплачивая ежегодную дань в размере 1000 фунтов стерлингов папству. С подчинением Англии власть Папы Римского достигла своего апогея.
Иннокентий III организовал многочисленные крестовые походы, завоевав Византию (Четвертый крестовый поход), подавив альбигойскую ересь на юге Франции и вторгшись в славянские регионы вдоль Балтийского побережья. С каждой военной кампанией папство расширялось, облагая население различных стран многочисленными церковными налогами и начав масштабную продажу индульгенций, что привело к постоянному притоку богатств в Рим. Одновременно Иннокентий III поддерживал создание нищенствующих орденов, распространяя «Евангелие бедности» для духовного подавления общественного недовольства церковью. Для укрепления авторитета Римско-католической церкви Иннокентий III также пересмотрел церковные уставы и на Четвертом Латеранском соборе (1215 г.) официально утвердил доктрину «существенного обращения» в качестве символа веры.
В 1216 году умер папа Иннокентий III. Его преемник, Гонорий III (правил 1216–1227), короновал Фридриха II в 1220 году. После принятия личного правления Фридрих II занял позицию невмешательства государства в дела немецких феодальных сеньоров, но проводил политику лишений на Сицилии, сосредоточившись на создании централизованного правительства, подавлении восстаний феодальных сеньоров в Южной Италии, ослаблении власти знати и церкви и распространении своего влияния на Северную Италию, что вызвало сопротивление со стороны городов Северной Италии и папства. В 1227 году его преемник, Григорий IX (правил 1227–1241), отлучил Фридриха II от церкви. В 1230 году он организовал восстановление Ломбардской лиги, положив начало долгой борьбе против Фридриха. В 1243 году папа Иннокентий IV (правил в 1243–1254 годах) объявил войну Фридриху II, но кампания оказалась неудачной, и папа был осажден им. Он бежал в Лион, Франция, и полагался на короля Франции в восстановлении папства. В 1245 году папа созвал собор в Лионе, отлучив Фридриха II от церкви и свергнув его с престола по обвинению в лжесвидетельстве, богохульстве и ереси. Фридрих усилил свои нападения на папские территории в Италии, заявив о своем намерении конфисковать все церковное имущество. В 1248 году Фридрих II потерпел поражение от коалиции итальянских городов близ Пармы и умер два года спустя. С тех пор династия Гогенштауфенов в Германии пришла в упадок, и Германия распалась на множество независимых феодальных княжеств.
Борьба между папой и императором, начавшаяся в середине XI века, продолжалась более 200 лет. К середине XIII века казалось, что папа одержал победу над императором, но в действительности папа начал попадать под контроль французского короля, и власть папства постепенно ослабела.
Каноническое право и Кодекс канонического права
В VIII веке императоры часто назначали духовенство судьями. В XI веке, с ростом власти папства, полномочия церковных судов соответственно расширились. Одна из церковных теорий заключалась в том, что характер дела определял, какой суд должен его рассматривать; дела, касающиеся церковных интересов, религиозных убеждений или чего-либо, связанного с церковью, рассматривались церковными судами. Поскольку большая часть деятельности в Средние века велась во имя религии, в регионах, где церковная власть превосходила власть монарха, церковные суды фактически рассматривали многие светские дела. К началу XII века епископы непосредственно выполняли функции судей, или епископы назначали нескольких священнослужителей, специализирующихся на каноническом праве, на должности штатных церковных судей в своих епархиях. В каждой епархии был один главный судья для рассмотрения апелляций. Папа учредил Папский суд в Римской курии как высший суд.
Расширение полномочий церковных судов сделало Церковь главным законодателем в Средние века. Первоначально каноническое право состояло из правил и постановлений, установленных Церковью, которые связывали верующих, духовенство и других лиц в вопросах веры, этики и церковной дисциплины. Первый формальный канонический закон был обнародован императором Константином Великим на Никейском соборе в 325 году н.э. К XII веку сфера действия канонического права стала всеобъемлющей.
В середине XI века начали появляться специалисты по каноническому праву и книги, излагающие каноническое право. В середине XII века итальянский монах Джеральд Гератян из Болонского университета отредактировал и опубликовал «Сборник разногласий в каноническом праве», считающийся важнейшей юридической книгой того времени. Книга разделена на три части: первая часть посвящена источникам права и особенностям духовенства; вторая часть содержит перечень и анализ случаев нарушений канонического права; и третья часть рассматривает природу таинств.
После «Сборника разногласий в каноническом праве» Гладиуса появились сотни других книг, излагающих каноническое право. Движимые необходимостью баланса сил между папством и монархией, во второй половине XII века канонисты предложили так называемую теорию «двух мечей». Папа лично владел мечом божественной власти, временно передавая меч политической власти императору во время коронации, и мог в любой момент вернуть себе меч политической власти, таким образом, имея право свергнуть императора. В начале XIII века Иннокентий III выдвинул теорию о том, что папа является представителем Христа на земле. Впоследствии папа Григорий IX использовал «Сборник энциклик» Иннокентия III в качестве основы для утверждения папской власти; Иннокентий IV лично прокомментировал «Сборник энциклик», провозглашая верховенство папской власти. В начале XIV века папа Климент V (правил в 1305–1314 годах) руководил составлением Кодекса канонического права, который был официально опубликован в 1317 году. Он заложил основу для последующих кодексов канонического права.