После излечения, 8 августа 1942 года И.И. Масленников был назначен на должность командующего Северной группой войск (в составе 9-й и 44-й армий) Закавказского фронта под командованием генерала-армии И.В. Тюленева.
Среди важнейших событий Великой Отечественной войны битва за Кавказ занимает одно из ведущих мест. Боевые действия на территории между Черным и Каспийским морями продолжались около пятнадцати месяцев и вошли в историю советского военного искусства как сложный комплекс оборонительных и наступательных операций.
Перед войсками И.И. Масленникова была поставлена задача - измотать противника в оборонительных боях и в кратчайшие сроки оборудовать основной оборонительный рубеж вдоль берегов Терека и Уруха в районе центрального участка Главного Кавказского хребта. Выбор этого рубежа обороны был весьма удачным, т.к. прикрывал подходы к крупным военно-стратегическим коммуникациям и важнейшим экономическим районам Северного Кавказа. В этот сложнейший период Сталин направил на Закавказский фронт в качестве представителя Ставки наркома внутренних дел Л.П. Берию. После изучения обстановки на фронте по его указанию 23 августа 1942 года была сформирована специальная оперативная группа из числа офицеров НКВД для рекогносцировки горных участков местности, к которой были привлечены горно-стрелковые подразделения, жители горных аулов, охотники, партийный и комсомольский актив.
С 26 августа 1942 года дивизии НКВД, находившиеся в районе боевых действий и в тылу фронта, в оперативном отношении были подчинены командующему Северной группой войск (т.е. И.И. Масленникову), фактически же они находились в распоряжении Л.П. Берии. Дивизиям войск НКВД ставилась задача прочно удерживать оборону гарнизонных полевых укрепрайонов: Нальчик, Грозный, Орджоникидзе, Дербент, Махачкала; оборонять Военно-Осетинскую, Военно-Грузинскую и Бакинскую дороги и основные перевалы через Главный Кавказский хребет.
Помимо задач непосредственно обороны, Масленникову приходилось решать и проблемы так сказать «ведомственные». В директиве от 23 августа 1942 года им определялись задачи частям, оборонявшимся в центральной части Северного Кавказа. Для сооружения в короткие сроки мощных оборонительных укреплений вдоль рек Терек, Урух необходимо было в первую очередь установить в этих районах прифронтовой порядок, принять решительные меры по выявлению уклонявшихся от призыва в армию и дезертиров, противодействию диверсантам, бандитским группам и шпионам. В августе 1942 года здесь действовали более 80 бандгрупп, 3 бандформирования, 12 диверсионных групп противника. Все сводки отдела по борьбе с бандитизмом за 1942 год поступали в основном из Северо-Кавказского региона, где за этот период при проведении 43 специальных войсковых операций были ликвидированы 2345 бандитов. Служебными нарядами войск НКВД при активной помощи органов госбезопасности, истребительных батальонов и местных формирований в августе - декабре 1942 года в особых оборонительных районах Северного Кавказа были задержаны 184 шпиона и диверсанта, 3004 дезертира и бандита, 9406 уклонившихся от оборонных работ и около 12 тысяч нарушителей прифронтового режима.
Для организации обороны доступных для противника перевалов и горных проходов были сформированы оперативно-чекистские группы, начальники которых одновременно являлись старшими оперативными руководителями на своём горном участке, им в оперативном отношении подчинялись все войсковые подразделения, действовавшие на этом направлении. Как и в укрепрайонах, на перевалах Кавказа в оперативном подчинении сотрудников органов госбезопасности и военнослужащих внутренних войск НКВД находились части 46-й армии, истребительные батальоны и местные формирования горцев.
Руководимые И.И. Масленниковым войска хорошо проявили себя в ходе Моздокско-Малгобекской (01.09.42-28.09.42 г.) и Нальчикско-Орджоникидзевской (25.10.42-12.11.42 г.) операций , благополучный исход которых оказал существенное влияние на срыв планов противника по захвату Грозненского и Бакинского нефтяных районов.
«Отмечая успешный разгром немецких войск в районе Владикавказа (Орджоникидзе), Орджоникидзевский (Владикавказский) Комитет Обороны от лица трудящихся города Орджоникидзе и всей Северной Осетии выносит Вам сердечную благодарность за руководство операциями, позволившими отстоять оборону города Орджоникидзе и отбросить от столицы Северо-Осетинской АССР немецко-фашистские войска... Мирному труду, который проводят сейчас трудящиеся гор. Орджоникидзе, мы обязаны во многом войскам Северной группы Закфронта под Вашим руководством…
Желаем Вам успеха в борьбе с немецко-фашистскими войсками…
Из письма Орджоникидзевского (Владикавказского) комитета обороны. 26 ноября 1942 г.».
Руководство высоко оценило заслуги И.И. Масленникова в деле обороны Кавказа. 13 декабря 1942 г. Иван Иванович был награжден вторым орденом Ленина, 24 января 1943 года назначен на должность командующего Северо-Кавказским фронтом, 28 января награжден (в числе первых) орденом Суворова 1-й степени, а 30 января ему было присвоено звание генерал-полковник.
После того, как к началу мая 1943 г. линия фронта в полосе ответственности И.И. Масленникова стабилизировалась на так называемой «Голубой линии» и без серьезной перегруппировки и пополнения сил прорвать немецкую оборону не представлялось возможным, генерал-полковник Масленников был назначен на должность заместителя командующего Волховским фронтом, который в тот момент готовил операцию по разгрому группировки противника в районе Мги, в целях восстановление контроля над Кировской железной дорогой и обеспечения прочной железнодорожной связи Ленинграда со страной.
К сожалению, эта операция, получившая название Мгинская наступательная (или, по аналогии с операциями «Румянцев» и «Кутузов» наименование «Брусилов»), окончилась неудачей – хотя в результате ожесточённых боёв с 22 июля по 22 августа 1942 г. мы и не позволили противнику перебросить хотя бы малую часть своих сил под Курск, тем не менее советские войска не сумели выполнить основные поставленные перед началом операции задачи - линия фронта в районе Мгинского выступа осталась практически без изменений.
В связи с тем, что генерал- полковник Масленников И. И. «находится на постоянной работе в Красной Армии» СНК 3 июля 1943 г. постановил «освободить его от должности заместителя Народного Комиссара Внутренних Дел СССР».
Между тем «постоянная работа в Красной Армии» становится все более напряженной – не успели еще отгреметь последние залпы операции «Брусилов», как И.И. Масленникова перебрасывают на юг - на должность заместителя командующего Юго-Западным фронтом (с 20.10.43 г. - 3-й Украинский фронт), в составе которого он принимает участие в Донбасской, Запорожской операциях и битве за Днепр, в т.ч. временно – с 21.10.43 по 15.11.43 г. замещает В.И. Чуйкова на посту командующего 8-й гвардейской армией.
И вновь «командировка» на север - 23 декабря 1943 г. И.И. Масленников назначается командующим 42-й армией Ленинградского фронта, которая в ходе Ленинградско-Новгородской операции (14 января 1944 г. – 1 марта 1944 г.), совместно со 2-й ударной армией, сначала прорвала сильно укрепленную за два с лишним года оборону противника южнее Пулковских высот, а затем завершила окружение и уничтожение красносельско-ропшинской группировки противника.
Преследуя отступающие немецкие войска, 42-я армия 4 февраля 1944 года освободила Гдов и к концу месяца с боями вышла с севера к внешнему обводу псковско-островского укреплённого района противника (рубеж «Пантера»), где натолкнувшись на упорное сопротивление, с 12 марта 1944 года перешла к обороне.
Именно во время боев зимой 1944 г. И.И. Масленников близко познакомился с А.М. Василевским – своеобразным «куратором» Прибалтики от Ставки ВГК – и стал участником «первого сталинского удара» 1944 г.
15 марта 1944 года И.И. Масленников был назначен на должность заместителя командующего Ленинградским фронтом.
«Открыть ворота в Прибалтику» и снять блокаду Ленинграда, нанеся поражение ГА «Север» - «голубя мечта» Ставки с конца 1942 г. В начале ноября 1942 г. такую задачу решали войска Калининского фронта, пытаясь выйти на рубеж реки Великая. Противник навязал ожесточённые бои под Великими Луками и Новосокольниками. Рассекающий удар, нацеленный на город Остров, войскам Волховского и Прибалтийского фронтов в сентябре и октябре 1943 г. соответственно нанести не удалось. В следующем году попытки продолжились: в марте 1944 г. усилия войск Ленинградского и в апреле - 2-го Прибалтийского фронтов успехом также не увенчались. Противник отходил на подготовленные рубежи, а наши войска, теряя боевой контакт, вели поиск и догоняли его по псковскому бездорожью, неся потери в навязанных боях. В конечном итоге войска 1-го и 2-го Прибалтийских фронтов уперлись в «линию Пантера», раз за разом пытаясь прорвать вражескую оборону на двух узких участках с локтевой связью между дивизиями.
Полтора года не решался вопрос открытия «ворот» в Прибалтику, «ключом» к которым был псковский город Остров. Пять опытнейших в военном отношении командующих фронтами получали одну и ту же «невыполнимую» задачу, раз за разом пытаясь решить ее лобовыми атаками противника. В результате стрелковые дивизии таяли до трёх тысяч человек личного состава, в полках осталось по два батальона, в каждом из них по две роты с полусотней активных штыков. Маршевого пополнения хватало на две-три атаки. И никакого просвета…
В конце концов постоянные неудачи переполнили чашу терпения Сталина, и он потребовал объяснений. Соответствующий доклад был подготовлен Генеральным штабом, а окончательное решение было принято в конце апреля на совместном заседании Политбюро ЦК ВКП(б), ГКО и Ставки ВГК. Основное внимание на нем уделялось подготовке Белорусской стратегической наступательной операции и её началу одновременно с высадкой союзников в Нормандии. ГА «Север» планировалось разгромить, нанеся 1-м и 2-м Прибалтийскими фронтами концентрические удары на Ригу, исключив отход противника в Восточную Пруссию. При этом серьезные опасения вызывали глубокоэшелонированная оборона противника и наличие у него оперативных резервов, а также развитая сеть железных и шоссейных дорог, которая обеспечивала их быструю переброску для нанесения контрударов. Требовалось усилить проблемное направление. Поэтому маршал Василевский настоял, Генштаб поддержал, а Ставка создала 21 апреля 3-й Прибалтийский фронт, в состав которого вошли объединения левого и правого крыльев Ленинградского и 2-го Прибалтийского фронтов. Командующим фронта назначили генерал-полковника И.И. Масленникова, высокие полководческие способности, и человеческие качества которого в Москве уже успели оценить. И вовсе не случайно, что когда спустя год А.М. Василевский занял должность Главнокомандующего советских войск на Дальнем Востоке, генерал армии Масленников стал у него первым заместителем, а по завершению кампании им обоим было присвоено звание Героя Советского Союза.
Иван Иванович Масленников командовал 3-м Прибалтийским фронтом до его расформирования в октябре 1944 года. За это время войска фронта успешно провели Псковско-Островскую, Тартускую и Рижскую операции, освобождая Прибалтику от немецких захватчиков. После освобождения Риги на основании директивы Ставки ВГК от 16 октября 1944 года фронт был расформирован, а его армии были переданы Ленинградскому и двум оставшимся Прибалтийским фронтам.
Войскам 3-го Прибалтийского фронта Москва салютовала дважды: после форсирования реки Великая и после взятия штурмом города Остров. Заслуги же командующего были отмечены двумя орденами Кутузова 1-й степени и третьим по счету орденом Красного знамени. И, наконец, 28 июля 1944 г. И.И. Масленникову было присвоено звание генерала-армии.
Поздней осенью 1944 г. для Ивана Ивановича наступил новый, ответственный этап службы – подготовка к войне против Японии на Дальнем Востоке, в ходе которой особо тщательно анализировались проведенные фронтом операции. Так, например, Псковско-Островской фронтовой наступательной операции было посвящено двухдневное совещание (7-8 декабря 1944 г.).
Одновременно А.М. Василевским своему будущему заместителю была поставлена задача столь же тщательно проанализировать возможности перегруппировки советских войск на Дальний Восток, организации подготовки будущего театра боевых действий, предполагаемый характер боевых действий на различных стратегических направлениях, исходя из состояния созданных японскими войсками укреплений.
10 месяцев работы не пропали даром, и когда в августе 1945 г. генерал армии И.И. Масленникова прибыл на Дальний Восток, то работа в буквальном смысле «закипела». Все знали, что и как надо делать. За короткий срок было разгружено 2,5 тыс. эшелонов, из них 1600 с войсками (свыше 400 тысяч человек личного состава, 7137 орудий, 2119 танков и САУ), для которых заранее были определены места, пути выдвижения, порядок маскировки. Принимая войска, генерал армии И.И. Масленников одновременно руководил и подготовкой театра военных действий. В сжатые сроки под его контролем было построено свыше 1100 колодцев, проложено 1390 км дорог. В пустынной местности появились земельные пирамиды, проложены 775 км дорожных маршрутов, 289 колонных путей, создано 2,3 тыс. укрытий. Наступательные группировки фронтов были созданы в срок.
Для проведения Маньчжурской стратегической наступательной операции были сформированы три фронта - Забайкальский фронт (командующий Маршал Советского Союза Р.Я. Малиновский), 1-й Дальневосточный фронт (командующий Маршал Советского Союза К.А. Мерецков) и 2-й Дальневосточный фронт (командующий генерал армии М.А. Пуркаев). В период операции привлекались Тихоокеанский флот в составе двух крейсеров, одного лидера, 12 эсминцев, 78 подводных лодок (командующий адмирал И.С. Юмашев), Амурская флотилия в составе 126 кораблей (командующий контр-адмирал Н.В. Антонов) и воинские части Монгольской народно-революционной армии (главнокомандующий Маршал Монгольской Народной Республики Х. Чойбалсан).
Генералу армии И.И. Масленникову было поручено координировать действия 1-го Дальневосточного фронта, Тихоокеанского флота и Амурской флотилии. С выходом соединений и воинских частей советских войск в районы сосредоточения было организовано проведение командно-штабных учений на всех уровнях. Основное внимание уделялось мощному огневому поражению противника, стремительному продвижению в обход укрепленных районов, организации взаимодействия, особенно на флангах и стыках объединений и соединений советских войск, а также вводу оперативно-маневренных групп, армий, фронтов для развития успеха. Особое внимание было уделено организации тылового и технического обеспечения, своевременному снабжению воинских частей боеприпасами и горюче-смазочными материалами. Так, выяснилось, что в Приморской группе не хватает корма для лошадей, и многие лошади не подкованы из-за отсутствия подковочных гвоздей. А ведь в тяжелых условиях бездорожья именно лошадь была основным средством доставки материально-технических средств. Поэтому под контролем Ивана Ивановича был срочно построен комбикормовый завод и изысканы злосчастные гвозди.
Несмотря на то, что 19 августа 1945 года главнокомандующий советскими войсками на Дальнем Востоке Маршал Советского Союза А.М. Василевский принял капитуляцию Квантунской армии, для его заместителя - генерала армии И.И. Масленникова - война не закончилась. Некоторые части японцев не подчинились приказу о капитуляции и их нужно было добить. Одновременно надо было налаживать и мирную жизнь в Китае и Корее, организовать размещение советских войск, боевую учебу и гарнизонную службу. Харбин, Сейсин, Мукден, Бейлин, Порт-Артур, Дайрен, Синьцзян, Хокайдо, Курильские острова – таков был маршрут генерала армии И.И. Масленникова. Везде необходимо было не только разместить и обустроить войска, но и организовывать деятельность местных органов власти. И с этой задачей он справился успешно. За мужество и героизм, умелое руководство войсками генералу армии Ивану Ивановичу Масленникову Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 сентября 1945 года было присвоено звание Героя Советского Союза.
В октябре 1945 года И.И. Масленников возвращается на границу – командующим Бакинским (с 5 мая 1946 года - Закавказский) военным округом.
С января 1947 г. до лета 1948 г. Ивана Иванович проходил обучение на Высших академических курсах при Военной академии Генерального штаба, после окончания которых 10.06.48 г. был назначен заместителем министра внутренних дел СССР.
Вновь, как и перед войной, в зону ответственности И.И. Масленникова вошли пограничные и внутренние войска. Под его руководством была проведена большая работа по их реорганизации, при этом особый упор делался на обеспечение войск высокопрофессиональными кадрами. Для решения этой задачи по инициативе Ивана Ивановича был открыт Военный институт по подготовке руководящего состава пограничных и внутренних войск (ныне Пограничная академия ФСБ России).
Но главное внимание И.И. Масленников, как и 20 лет назад, вынужден уделять борьбе с басмач бандитизмом в Западных областях Украины, Белоруссии и Прибалтике. Основными противниками теперь были остатки ОУН-УПА и националистические движения, которые не прекратили вооруженное сопротивление и после окончания Второй мировой войны, борясь «за независимость».
Костяк оуновцев составляли легионеры расформированных националистических батальонов, разгромленной дивизии СС «Галичина» и карательных, полицейских отрядов. Многие кадры националистов прошли подготовку в школах немецкой разведки.
Постоянная численность УПА, по разным оценкам, составляла от 25 до 100 тыс. человек. Бандитское подполье было хорошо вооружено немецким и советским оружием, имело большие запасы продовольствия, медикаментов, советских денег. Наблюдалась чёткая организация: группы «Север», «Запад» и «Юг», в каждой группе 3-4 куреня, в один курень входило 2-4 сотни. Сотня состояла из 3-4 взводов, а они из роев - 10-12 бойцов. Имелась своя служба безопасности, разведка, прокуратура, следственный аппарат и тюрьмы.
Борьба осложнялась тем, что националистическое подполье поддерживали внешние силы. Сначала бандеровцам помогала нацистская Германия, затем Англия и США, которые вели «холодную войну» против СССР. В леса Западной Украины забрасывали с воздуха эмиссаров, деньги, боеприпасы и т. д. В «войне после войны» в 1945–1955 годы погибло 25 тыс. военных, бойцов НКВД и милиционеров, 32 тыс. человек из числа советского партактива.
С января 1947 года по постановлению Совмина СССР борьба с бандформированиями стала исключительной компетенцией органов госбезопасности. Внутренние войска передали МГБ. Основными задачами борьбы с бандподпольем были агентурная работа, выявление настроений местного населения, а также в подполье, бандах, их разложение изнутри, склонение подпольщиков и бандитов к сотрудничеству с властями или явке с повинной, разъяснительная работа с населением для лишения бандподполья поддержки и пополнения, увеличения числа жителей, лояльных к государственным, в т.ч. правоохранительным органам, проведение чекистами войсковых операций для изъятия оружия у населения, уничтожения лидеров ОУН-УПА, ликвидации подполья, бандгрупп…
Эта война еще не была закончена, когда 16 апреля 1954 года жизнь генерала армии Ивана Ивановича Масленников трагически оборвалась. Считается, что те, кто вел следствие по «делу Берии», могли «подозревать» генерала в намерении в «День Х» ввести, по приказу Берии, в Москву войска и арестовать правительство. А то, что боевой генерал вполне мог это сделать, следователи, очевидно, не сомневались. Понимая, что оправдаться вряд ли получится, и не желая быть пешкой в чужих политических играх, полководец нажал на спусковой крючок табельного пистолета…