В период Гражданской войны Сталин становится более заметен. Он выполняет поручения ЦК партии. В середине 1918 года на Восточном фронте важную роль начинает играть Царицын, куда направляют Сталина как чрезвычайного уполномоченного ЦК по продовольственному снабжению. Прибыв в Царицын, Сталин включается в решение военных задач. Иосиф Виссарионович входит в Военный совет округа, вместе с которым удаётся объединить разрозненные части, провести мобилизацию, сформировать несколько новых дивизий, создать рабочие отряды ополчения. Положение Царицына становится ещё прочнее, когда сюда прибывают части бывшей 5-й армии под командованием Ворошилова.
В период нахождения в Царицыне Сталин просит Ленина направить телеграмму Главному управлению водного транспорта с указанием исполнять все его распоряжения. Ленин соглашается. Примечательно, что Сталин не любил переписываться с Троцким, хотя формально находился в его подчинении. Вместо этого он чаще всего напрямую обращался к Ленину.
Здесь же, в Царицыне, проявляются диктаторские замашки Сталина. В письмах в Центр он описывает, как «твёрдой рукой» наводит порядок. Сталин также начинает не доверять военным специалистам. В этом плане на него оказывает влияние измена Носовича и ряда других бывших офицеров царской армии. По инициативе Сталина большая группа военспецов арестовывается, многих расстреливают. В частности, в Царицыне при нём были арестованы инженер Алексеев, два его сына и несколько бывших офицеров, обвинённых в причастности к контрреволюционной организации.
В Царицыне Сталин также вступает в конфликт с командующим фронтом П. П. Сытиным. Первый считал, что любое решение Сытин должен согласовывать со Сталиным и Ворошиловым. Сытин же, руководствуясь военной логикой, хотел избежать бесконечных согласований. Сталин шлёт в Москву записки, жалуясь на Сытина. Командующий фронта защищается, но в конце концов Сталин одерживает верх – в ноябре 1918 года Сытина отзывают с поста. Так Сталин ставит всех военспецов в положение постоянно контролируемых. Это обостряет его отношения с Троцким, который во всём поддерживал военспецов.
Что касается участия Сталина непосредственно в боевых действиях, то и здесь он проявил себя как истинный «аппаратчик». Вот что об этом пишет Волкогонов:
Сталин не утруждал себя посещением окопов, лазаретов, сборных мест и наблюдательных пунктов. Он почти не покидал штаб, без конца слал депеши, вызывал комиссаров, командировал, требовал донесений, сводок, угрожал трибуналом, посылал людей для контроля
После Царицына Сталин почувствовал себя значительно увереннее среди своих сотоварищей по ЦК и Совнаркому. Сталин вместе с Дзержинским, Орджоникидзе и другими принимал участие в организации обороны Петрограда и мобилизации сил для разгрома мятежников во время мятежа генерала Краснова. Частенько Сталина посылали на участки фронта для определения причин поражений.
Несмотря на то, что в период Гражданской войны авторитет Сталина рос и многие его решения, можно сказать, способствовали победам красных, на его счету были и провалы, о которых позже ничего не писали. Например, он отчасти виноват в провале советов против Польши. Так, когда главком С. С. Каменев направил командованию Юго-Западного фронта директиву о передаче 12-й и 1-й конной армии, Сталин отказался подписать её. Подписал документ лишь член Военного совета Р. И. Берзин. Пока шли эти препирательства, 1-я конная армия могла успеть на помощь Западному фронту, но не успела. Хотя до этого Сталин устно соглашался передать три армии. Тот факт, что в решающий момент Сталин затормозил дело, делает его таким же виновным в провале, как и Троцкого, Тухачевского и Егорова, но наказаны в итоге будут лишь последние.
По мнению Волкогонова:
Сталин как руководитель сформировался в значительной мере в годы Гражданской войны. Он почувствовал власть, понял её механизм в центре и на местах, уверился в том, что нажим, напор, давление в критические моменты способны дать желаемые результаты