Aermacchi MB.339 стал преемником Aermacchi MB.326 в качестве усовершенствованного учебно-тренировочного и лёгкого ударного самолёта. Этот двухместный учебно-тренировочный самолёт одинаково хорошо справлялся с обеими задачами, а также пришёл на смену устаревшему учебно- тренировочному самолёту и самолёту непосредственной поддержки Fiat G.91T, состоявшему на вооружении ВВС Италии. Как и в случае с MB.326, более новый MB.339 пользовался спросом на экспортном рынке в таких странах, как Австралия, Аргентина, Эритрея, Гана, Италия, Малайзия, Нигерия, Перу и ОАЭ.
После первого полёта прототипа (два из них были завершены как«MB.339X») 12 августа 1976 года, MB.339 был официально представлен в 1979 году.
По сравнению с предшественником, MB.326, у MB.339 была совершенно новая конструкция носовой части. Двухместная компоновка также была изменена, чтобы улучшить обзор с места инструктора/второго пилота на заднем сиденье, а турбореактивная силовая установка Piaggio (Rolls-Royce) Viper Mk 621 повысила производительность. Подвесные топливные баки были увеличены, но в целом остались такими же, как у более ранних моделей MB.326, как и 6 внешних узлов подвески под крыльями и 2 внутренние 30-мм пушки DEFA.
В целом конструкция была вполне традиционной для самолётов этого класса. Она включала в себя короткий носовой обтекатель, низко расположенные прямые крылья, традиционный руль направления с одним килем и соответствующие хвостовые стабилизаторы. Шасси было трёхколёсным, трёхопорным, полностью убирающимся.
Серия MB.339A была самой многочисленной в производстве (107 экземпляров в трёх производственных партиях), а в модели «C» были добавлены новые усовершенствования, в том числе более мощный двигатель, бортовой лазерный дальномер (в носовой части) и возможность запуска управляемых ракет.