Этим методом пользуются в тех случаях, когда стремятся освободиться от одних групп микроорганизмов при сохранении других и для уменьшения обсемененности материала. Растворенный антибиотик вносят в среду с посевным материалом или непосредственно в ферментационную среду. Необходимо учитывать спектр действия применяемого антибиотика и его дозировку. Внесение антибиотика может производиться до стерилизации среды (термостабильные антибиотики), либо после стерилизации (термолабильные антибиотики). При внесении термолабильных антибиотиков до стерилизации сред будет происходить их разрушение, что может свести на нет их противомикробное действие.