В VI веке произошла очередная реконструкция. Часть построек снесли, а оставшиеся включили в новую церковь. К северной стороне ее примыкал акведук. Судя по найденным монетам, к концу VI в. на месте бань из плинфы с рядами зеленоватого камня построили храм.
Рабочее название храма – Северный.
Храм расположили параллельно акведуку вплотную к нему. Две арки акведука включили в неф. Это была трехнефовая базилика, которую украсили мозаиками..
Скорее всего, он был освящен в честь Богородицы Кириотиссы. Но это ничем не подтвержденная гипотеза.
В 300-х метрах от него находился храм Богородицы Диакониссы монастыря Акаталипта, построенный в 598 г. по версии А. Мордманна.
В юго-восточной части был компартимент, скорее всего трапезная. Там была мозаика, на которой изобразили сцену «Сретение». Богоматерь, Младенец Христос и Симеон изображены внутри орнаментальной рамки.
Остатки этой мозаики можно увидеть в археологическом музее Стамбула.
Мозаика сильно пострадала при очередной перестройке.
Много версий выдвигается в связи с находками монет. В связи с переносом монастыря Панагии Кириотиссы в конце VII в. с юга пристроили Церковь с вимой (Bema church), ее ось сместили к северу примерно на 35 градуса и ориентировали строго на восток.
Эта церковь тоже представляла собой трехнефовою базилику. Но она была форумного типа с колонным обходом в западной части, с синтроном в апсиде и блочно-стропильным перекрытием. Крупные проемы на втором ярусе говорят о том, что она имела хоры.
В северо-восточной галерее сохранился фрагмент мозаики, обрамленной гирляндой.
В X–XII веках Северную церковь разобрали. Осталась только апсида, которая была скевофилакием/протесисом для Церкви с вимой. Позже скевофилакий использовали для нового храма.
К церкви с вимой пристроили со стороны юго-востока 2 небольшие церквушки с освящённым Святым Престолом внутри - парекклисиона с апсидами.
Северная церковь была с реберчатым куполом неправильной формы. Под ним располагался мраморный карниз. Апсида была с тройным окном на мраморных столбиках. Эта церквушка была предназначена для чудотворной иконы Богородицы Кириотиссы. Ее изображение с ктитором (жертвователем на постройку церкви) также было
на фреске в проходе из вимы основного храма. В проходе также нашли следы мозаики с изображением богоматери.
Пол парекклисиона украсили мозаикой в технике opus sectile. В южном парекклисионе, по-видимому, тоже находилась какая-то святыня – перед апсидой в полу был мраморный круг.
После пожара, случившегося в 1197 году, Церковь с вимой разобрали. Оставили только апсиду с вимой и 2 более поздних парекклисиона. На месте Церкви с вимой поставили купольный храм типа вписанного креста, у которого были изолированные угловые ячейки, нартекс и боковые галереи. Храм достоял полностью до прихода османов. Не было только апсиды, боковых галерей и второго этажа нартекса, которые разрушили уже при османах.
Храм представлял собой крупное здание с наосом. Размер его был 19х19 метров. Накрывал его широкий 16-частный реберчатый купол диаметром 8 метров. Опорой купола служат углы стен изолированных двухярусных угловых ячеек, которые перекрывают крестовые и купольные с ребрами своды. Проемы в двух ярусах соединяются с наосом.
Зону хор создают верхние ярусы нартекса и угловых ячеек. Сообщались между собой верхние ярусы через второй ярус боковых галерей.
В западный рукав хоры открываются трибелоном на мраморных столбиках с большой центральной аркой.
Был еще и третий ярус. Но сохранилась только часть над северо-восточной ячейкой. На него поднимались по винтовой лестнице с хор.
В боковых рукавах креста 2-й и 3-йзанимают тройки больших окон.
Храм в основном построен из кирпича. Кое-где вставлены каменные ряды. Много мраморных столий. Среди них встречаются и капители V в. из церкви святого Павла, расположенной в соседнем VII регионе.
Стены здания прорезаны большими проемами. Арка на торцах креста имеет сложный профиль. Интерьер церкви, как и всех византийских церквей, был богато украшен. Вокруг стен на уровне хор, под пятами, больших
подпружных арок и в основании купола, исключая виму, которая осталась от храма конца VII века, расположены три резных мраморных карниза. В виме VII в. карниз использовали второй раз, а в наосе все карнизы оригинальные.
Христос Пантократор и пророки. Мозаика купола парекклисиона мон-ря Панагии Паммакаристос. Ок. 1310 г.
Стены наоса покрывают мраморные плиты. Они расположены также как и в ранневизантийских храмах, в том числе и в Святой Софии.
Плиты выложены зеркально. Большие плиты с сохраненным рисунком камня обрамлены тонкими рамками из светлого мрамора и мраморными «каркасами» охристых и серых цветов. Арки «полосатые» и «зубчатые»,
из разных видов мрамора из мрамора темного, белого и охристого тона.
В западной стене 2 древних рельефа, на которых изображена эдикула – маленький храм, с нишей для размещения культовой статуи.
Восточный рукав креста обрамляют крупные оригинальные резные рамы, в которые вставлялись иконы Богоматери и Христа. Своды были украшены мозаиками, которые в основном исчезли. Осталась только фигура архангела Михаила на восточной стене прохода из восточного рукава в юго-восточную угловую ячейку.
В пятидесятые годы XIII века в одном из двух южных парекклисионов в технике al secco в арке был создан житийный цикл святого Франциска Ассизского с латинской надписью из Псалма 25 (26), 8. В левой руке стоящего в центре святого Франциска раскрытая книга, выше - бюсты Богоматери с Младенцем и 2 ангелами, а по сторонам изображены по 5 сцен из жития св. Франциска.
Перед циклом в арке сохранились изображения двух восточных отцов Церкви, один из них – Иоанн Златоуст. Плохо сохранились изображения сцен исцеления святого, ряд чудес, проповедь птицам, успение святого Франциска и экзорцизм на его могиле. Это самый древний экзорцизм святого Францизска. Его создали на десять лет раньше цикла в Нижней церкви в Ассизи. По стилю он близок к миниатюрам Библии из Акры.
В 1267 году храм был украшен фресками. Юго-западный компартимент был украшен образами Богоматери и фигурами апостолов (возможно, из сцены «Моление о Чаше»). Сохранились только фрагменты.
В нартиксе в тимпане была фреска с Богоматерью Кириотиссой и архангелами Михаилом и Гавриилом.
Апсиду парекклисиона заложили стеной, на которой была роспись: изображения святых, которые повернуты вправо к изображению «Мелизмос». На северной стене фрагменты композиции «Успение». В западной части
парекклисиона было изображение двадцати фигур святых в рост и полуфигур пяти святых жен, равноапостолные
Константин и Елена и др. В соседней апсиде изображение полотеничного ряда, «Мелизмос» с Младенцем на престоле и Богоматерь Влахернитисса в конхе, в северной нише изображения святого диакона.
В юго-западной части хорошо сохранилась «комната икон»: святые Иоанн Лествичник, Иоанн Дамаскин, Косма Маюмский, Антоний и Онуфрий.
Плохо сохранилась фреска с образом Богоматери «Оранта» в нише на западном фасаде экзонартекса.
На северной стене разрушенной южной галереи видны остатки фресок с изображениями Христа и Богоматери.
Галереи апсида храма были снесены османами. Апсиду заменили прямой стеной.
В 1966–1978 годах под руководством Л. Страйкера и Д. Кубана были проведены археологические
и реставрационные работы.