После ликвидации власти Советов на российском Дальнем Востоке, когда ситуация стала более стабильной, японское военное руководство решило сократить численность своих войск. Для этого оно провело демобилизацию запасных и резервистов из состава экспедиционного корпуса, оставив только кадровый состав.
В состав японского экспедиционного корпуса входили три пехотные дивизии — 3-я, 7-я и 12-я, а также отдельные части и подразделения. С осени 1918 года 3-я дивизия под командованием генерала Абэ со штабом в Чите обеспечивала охрану железной дороги от Нерчинска до Верхнеудинска. 7-я дивизия под командованием генерала Фудзи со штабом на станции Маньчжурия располагалась на зимних квартирах в полосе отчуждения КВЖД от станции Пограничная до Борзи, а также частично в Благовещенске.
Её задачей была охрана железной дороги в Северной Маньчжурии. Дивизия участвовала в интервенции в Сибири, начавшейся 6 июня 1918 года. 5 мая 1919 года она вернулась в Асахикаву на Хоккайдо.
12-я дивизия под командованием генерала Оой со штабом в Хабаровске контролировала Амурскую и часть Уссурийской железных дорог (во Владивостоке японцы находились вместе с интервенционистскими войсками других стран), а также район Николаевска-на-Амуре.
Теперь рассмотрим некоторых японских командиров более подробно.
Мицуэ Юи, генерал Императорской армии Японии, был назначен начальником штаба Сибирской экспедиционной армии в 1918 году. В апреле 1919 года он отправил генерал-майора Ясутаро Такаянаги с секретной миссией в Внешнюю Монголию. Цель этой миссии заключалась в поддержке монгольского сепаратизма и отделении этого региона от китайской гегемонии. 17 июля 1920 года на станции Гонгота представители ДВР Краснощеков и Эйхе заключили соглашение с японским генералом Юи Мицуэ о создании нейтральной зоны между армией ДВР и частями атамана Семёнова от станции Гонгота до станции Сохондо.
Отани Кикудзо (1856–1923), генерал Императорской армии Японии, участвовал в Первой китайско-японской войне, Русско-японской войне, Первой мировой войне и Гражданской войне в России. Он командовал Владивостокским экспедиционным корпусом и был официальным командующим союзными войсками во время интервенции. После отставки в 1920 году Отани получил титул барона. Под его командованием японские войска в Сибири поддерживали Белое движение в борьбе с большевиками, стремясь сохранить стабильность в регионе и предотвратить распространение коммунизма. Его стратегические решения, включая приказ отрезать восточное Забайкалье от контролируемой большевиками территории, способствовали созданию Читинского плацдарма, что помогло удержать важные позиции и помешать продвижению большевиков.
В ноябре 1918 года генерал Отани Кикудзо прибыл из Хабаровска в Благовещенск, где участвовал в параде союзных войск, посвящённом дню рождения японского императора. Примерно в это же время в Хабаровске атаман Семёнов встретился с атаманами Гамовым и Калмыковым.
Нобоюки Абэ (1875–1953), генерал Императорской армии Японии, премьер-министр Японии и последний генерал-губернатор Кореи, командовал 3-й дивизией с 1918 по 1921 годы. Дивизия была направлена в Россию в ходе Гражданской войны, но не участвовала в боевых действиях, а дислоцировалась в Чите. 7 октября 1918 года атаман Семёнов устроил обед для представителей Читинского гарнизона и офицеров 3-й японской дивизии. На следующий день генерал Абэ дал ответный обед.
Правитель Российской Восточной окраины, генерал-лейтенант Григорий Михайлович Семёнов, вспоминал: «По прибытии в Сеул меня немедленно проводили в резиденцию генерал-губернатора Кореи, генерала Ооба (Абэ), который в дни интервенции был начальником 3-й дивизии в Чите. Во дворце генерал-губернатора я получил тёплый и почётный приём. Особенно трогательным было то, что генерал Ооба (Абэ) надел русские ордена к обеду. Это свидетельствовало о том, что военная среда Японии сохранила доброе отношение ко мне и ясно понимала зло, которое несёт коммунизм и попытки дипломатов сотрудничать с его носителями».
Оой Сигэмото (1863–1951), японский генерал, командовал 12-й дивизией Императорской армии Японии во время Сибирской интервенции. В мае 1920 года он подписал договор с Дальневосточной Республикой, который стал основой для вывода японских войск из Сибири. В апреле 1921 года Оой получил титул барона.
Верховный правитель России Александр Колчак, предчувствуя ухудшение ситуации после предательства Гайды и чехословаков, назначил атамана Семёнова главнокомандующим всеми русскими вооружёнными силами на Дальнем Востоке в 1919 году. Это назначение врага чехословаков, который угрожал не пустить их во Владивосток, поставило правительство Политцентра в Иркутске в безвыходное положение.
Этот шаг Колчака обострил его и без того сложные отношения с чехословаками, которые стремились обеспечить себе скорейший проезд к Владивостоку. 12 ноября 1919 года их главнокомандующий Сыровы заявил прибывшему в Иркутск Жанену, что в случае непредоставления его эшелонам приоритета при эвакуации, он не гарантирует последствий. Жанен был вынужден согласиться и издать соответствующий приказ. Легионеры воспользовались этим и начали силой отбирать паровозы у колчаковских эшелонов. В Красноярске они отцепили паровоз от личного поезда адмирала, задержав его следование в Иркутск на шесть дней.
Вскоре чехи выселили из поезда нового главнокомандующего колчаковской армии Каппеля вместе с его штабом. Остатки сибирской армии были вынуждены двигаться к Иркутску пешком и не могли вовремя прийти на помощь правительству. Разъярённый Колчак приказал Семёнову задержать эвакуацию легионеров и обратился к японскому генералу Оой с просьбой поддержать его действия. Семёнов немедленно направил чешскому командованию ультиматум с требованием прекратить дезорганизацию железнодорожного сообщения и вернуть русские эшелоны, угрожая в случае невыполнения силой воспрепятствовать проезду корпуса через Забайкалье. Одновременно он отправил к Иркутску часть своих войск и три бронепоезда. По приказу генерала Оой японские войска начали подготовку к отправке в Иркутск, взяв под охрану тоннели вдоль берега Байкала.
Участие японцев в боевых действиях и их поддержка белых русских административных структур получали высокую оценку, особенно со стороны атамана Семёнова. В начале февраля 1919 года генерал-майор Казачихин от имени атамана вручил начальнику 7-й дивизии генерал-лейтенанту Фудзи орден Святого Равноапостольского князя Владимира 4-й степени.
Атаман Семёнов вспоминал: «Впервые мы встретились с союзниками в начале октября 1918 года, когда 7-я дивизия Императорской японской армии под командованием генерал-лейтенанта Фудзи прибыла в Забайкалье. Конные части О. М. О. совместно с японскими кавалерийскими частями под руководством Генерального штаба капитана Андо форсировали переправы через широко разлившийся Онон, мост через который был взорван красными. Там было закреплено братство по оружию, которое стало залогом грядущего союза двух великих наций. Мы русские националисты хорошо узнали японцев и научились ценить и уважать их».
28 июля 1918 года батальон под командованием майора Такеда спас отряд Семёнова от полного уничтожения красными. Прикрыв семёновцев и позволив им отойти в полосу отчуждения КВЖД, батальон атаковал красных на Атамановской сопке и потерял до 20% личного состава. За этот бой майор Такеда был награждён орденом Св. Георгия Победоносца 4-й степени.