Сын Ивана Третьего Василий Третий (1505 - 1533) стал единовластным правителем Руси. Ему удалось присоединить к Московскому княжеству Смоленск. Церковь во всём поддерживала государя, была идейным помощником великокняжеской власти. В ознаменование этого события в двух верстах от Московского Кремля был построен Новодевичий монастырь. Его иконостас украсила Смоленская икона Божией Матери, списанная в 1456 году с древней Одигитрии Смоленского храма, поставленного ещё во времена Владимира Мономаха.
В это время Православная Церковь на Руси остро переживала нелёгкий период дискуссий между нестяжателями и иосифлянами о роли монастырей и монашестве в истории России, которую они понимали по-разному. Нестяжатели проповедовали аскетический образ жизни, отрицали право монастырей жить за счёт своих владений, отвергали смертную казнь для еретиков и выступали за независимость Церки от государства. Нестяжателей возглавлял старец Нил Сорский, инок Кирилло-Белозёрского монастыря, выдающийся реформатор монастырской жизни и церковный публицист, и его последователь Вассиан Патрикеев. Нил Сорский заимствовал из греческих монастырей Афона традицию отшельничества.
Иосифляне назывались по имени основателя Волоколамского монастыря Иосифа Волоцкого, приверженца сурового монашеского общежития, борца с религиозным инакомыслием. Он выступал за сильную Церковь и могучее государство. Иосифляне играли активную роль на заключительном этапе собирания земель вокруг Москвы. Они считали, что все земли Церкви и имущество монастырей принадлежат Богу. Они признавали зависимость церковной власти от светской, а еретиков предлагали предавать смертной казни. Идеология иосифлян более подходила для жизни в 16 веке, и они победили. Как правитель Василий Третий был приверженцем иосифлян, но как человек поддерживал дружеские отношения с Вассианом, в миру князем Василием Косым Патрикеевым. Василий Третий уважал инока за строгую жизнь. В 1510 году Вассиан был переведён из Кирилло-Белозерской обители в Симонов монастырь, в Москву. Туда Василий, Великий князь Московский, ездил к нему на учёные беседы. Но когда Вассиан не поддержал Василия Третьего в его стремлении развестись с Соломонией Сабуровой, с которой он прожил более двадцати лет и в браке не нажил детей, они разошлись.
В 1518 году в Москву приехал учёный монах с Афона Максим Грек. Талантливый писатель и публицист, он учился в университетах Флоренции и Парижа, был знаком с Иеронимом Савонаролой. Василий Третий пригласил его для исправления книг в своей библиотеке. Максим Грек не только выправил книги по богослужению, в которых были грубые ошибки, допущенные переписчиками, но перевёл Псалтырь с греческого на русский. Во время работы Максим подружился с Вассианом Патрикеевым. Много было у них учёных споров. Оба были согласны в том, что монастыри не должны владеть землями. Максим Грек открыто осудил желание государя получить развод и жениться вторично. По настоянию иосифлян в 1525 году он предстал перед церковным и светским судом. Ему ставили в вину распространение ереси, порчу церковных книг, отрицание права русских самим назначать митрополита. Максима Грека заточили в Волоколамском монастыре. Туда же сослали и Вассиана Патрикеева.
Разрешение на развод с Соломонией Сабуровой Василий Третий получил от митрополита Даниила. Он был активным защитником иосифлян, и как только после суда над Максимом Греком и Вассианом влияние нестяжателей ослабло, развёл великокняжескую чету. Семейная трагедия наложила глубокий отпечаток на князя. Он наверняка и сам понимал, что это не по Божески, таким вот образом выпрашивать наследника, но законы светской этики гласили об обратном. Перед смертью Василий Третий по обычаю и своему горячему желанию принял схиму и был похоронен как инок, в чёрных одеждах. В годы его правления завершилось объединение русских земель вокруг Москвы и значительно возрос престиж Русского государства в Европе. Свою державу он оставил трёхлетнему сыну Ивану (1533 - 1584), родившемуся во втором браке Василия Третьего с Еленой Глинской. Венчание на царство Ивана Четвёртого состоялось 16 января 1547 года в Успенском соборе. Шапку Мономаха он получил из рук главы РПЦ - митрополита Макария.