Богородице-Рождественский Лужецкий монастырь был основан в 1408 году по желанию можайского князя Андрея Дмитриевича - одного из сыновей Дмитрия Донского. Этому князю принадлежал также Белозерск, поэтому узнав, что там в его северных пределах поселился подвижник по имени Ферапонт, князь захотел привлечь его к устройству обители в своей удельной "столице" Можайске.
Ферапонт несколькими годами ранее создал Богородице-Рождественскую обитель в Белозерской земле - ныне в Вологодской области. По желанию князя Андрея он прибыл в Можайск, хотя сам не хотел покидать свою северную обитель. Князь стал уговаривать старца остаться в Можайске и основать здесь еще один монастырь. Преподобный был вынужден послушаться. Старец сам выбрал место для монастыря в версте от городской крепости у излучины реки Москвы. Тогда же был поставлен каменный храм Рождества Богородицы. По преданию, именно этот древний храм и сохранился до нашего времени. Если быть точнее, то нынешнее кирпичное здание построено в XVI столетии на месте прежнего храма 1420-х годов. В любом случае Богородице-Рождественский собор - это древнейший храм не только монастыря, но и города Можайска.
Последние 18 лет жизни преподобный Ферапонт провел в своей новой подмосковной обители. Он скончался в 1426 году 90-летним старцем и был погребен "в Лужках в Можайске у Пречистыя Богородицы". Могила его находилась у южной стены церкви Иоанна Лествичника или как ее позднее называли - Ферапонтовской церкви.
Преподобный Ферапонт был знатного происхождения. Он родился в семье "детей боярских" из города Волоколамска. В миру его звали Федором Поскочиным. Достаточно поздно, около 40 лет он принял монашество. Сначала поступил в московский Симонов монастырь, где был пострижен с именем Ферапонт. В 1397 году вместе с иноком Кириллом он отправился на Белоозеро. Оба подвижника основали каждый свой монастырь, и эти монастыри располагались в 20 верстах друг от друга. Один монастырь стали называть Кирилловым, а другой - Ферапонтовым. На севере преподобный Ферапонт провел около 10 лет, а затем был вызван в Можайск.
В Смутное время Лужецкий монастырь был разорен и разграблен. В 1605 году Лжедмитрий I провел пасхальные дни в Можайске со своей невестой Мариной Мнишек. После гибели самозванца город захватили банды Тушинского вора. В 1610-1619 годы город разоряли таборы поляков и литовцев. Только обитель начала восстанавливаться после всех этих несчастий, как случилась новая беда - в 1655 году от заразной болезни умерли 29 человек братии, в том числе и настоятель архимандрит Моисей.
Лужецкая обитель расположена всего в 12 километрах от знаменитого Бородинского поля. В 1812 году в Лужецком монастыре находился штаб французского маршала Жюно с вестфальским корпусом. В Введенской церкви солдаты молотили рожь, в другой была устроена столярная мастерская, а в братских корпусах и трапезе стояли лошади. При отступлении французы решили сделать нечто подобное, что планировал Наполеон в Московском кремле. Они разбросали по церквям мешки с порохом и зажгли иконостас Богородице-Рождественского собора. Монастырский служитель Иван Матвеев вовремя заметил злой умысел и вынес все мешки с порохом из зданий. Старинный иконостас, однако, полностью сгорел, погибло убранство, пострадала средняя глава собора.
Невредимым в пожаре остался один только деревянный крест. В 1858 году этот крест был помещен в серебряный оклад и украшен изображениями Господа Саваофа, Божией Матери, апостола Иоанна Богослова и внизу - преподобного Ферапонта. Крест этот хранился в Введенской церкви и особенно почитался богомольцами. Введенская церковь была построена во второй половине XVIII века. Это двухэтажное здание: наверху располагалась сама церковь, а в нижнем этаже помещались трапезная и кухня.
К Богородице-Рождественскому собору почти примыкала старинная Ферапонтовская церковь, которая до 1717 года называлась церковью Иоанна Лествичника. Эта церковь была поставлена как раз над могилой преподобного Ферапонта. Французы устроили в Ферапонтовской церкви кухню: взяли икону Усекновения главы Иоанна Предтечи, и на ней, как на доске, рубили пищу для себя и для лошадей. После ухода неприятеля монахи нашли эту икону. Она вся была иссечена, но лик Иоанна Предтечи чудесным образом не был поврежден. В память об этом в Ферапонтовской церкви был устроен небольшой придел Усекновения главы Иоанна Предтечи. В этом же храме находился чудотворный список Страстной иконы Божией Матери, которая поступила в монастырь в 1681 году из рода Аксаковых.
Монастырская колокольня была построена в 1692 году при содействии московского патриарха Иоакима (Савёлова). В нижнем этаже колокольни погребены родственники патриарха Иоакима можайские дворяне Савеловы. Патриарх Иоаким также приписал к Лужецкому монастырю бывший Якимановский монастырь г. Можайска с его владениями и подворье в Москве у церкви Большое Вознесение. Правда, это московское подворье впоследствии монастырем было утрачено. В 1859 году митрополит московский Филарет (Дроздов) передал Лужецкому монастырю две часовни в Москве у Калужской и Серпуховской застав.
С Лужецким монастырем связаны имена и других известных церковных иерархов. С 1523 по 1526 годы настоятелем Лужецкого монастыря был Макарий - впоследствии митрополит Московский, ближайший наставник царя Ивана Грозного в первую половину его правления. Именно при митрополите Макарии в 1548 году преподобный Ферапонт был причислен к лику святых и построен нынешний Богородице-Рождественский собор. Три года с 1795 по 1798 настоятелем монастыря был Серафим (Глаголевский) - впоследствии митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский. После него также три года лужецким настоятелем был Августин (Виноградский) - впоследствии архиепископ Московский.
Последним перед революции настоятелем монастыря в 1904 году стал архимандрит Вениамин (Аверкиев). Он происходил из зажиточных крестьян села Грачёвки Бузулукского уезда Самарской губернии - ныне в Оренбургской области. В миру его звали Василием Андреевичем Аверкиевым. Тягу к церковному служению и иночеству будущий архимандрит имел с самого детства.
Однажды мать Василия Фёкла Никифоровна ездила в Киев. На обратном пути она сильно заболела. Врачи ничем не могли помочь женщине и считали, что она безнадежна. Тогда мальчик Василий пошел в местную церковь к обедне и помолился своей собственной молитвой:
Господи! Ты сам был сыном своей матери и если бы она тогда умерла, оставив тебя совсем без призора, то как бы тебе было пребывать без матери? Так и мне, Господи, сжалься, помилуй, спаси и сохрани от смерти мою маму.
В тот же день мать мальчика почувствовала себя лучше. А на следующий день Фёкла Никифоровна уже встала с постели и позвала в гости родных и друзей.
Отрок Василий любил странников. Один из них предрек мальчику, что он станет "руководителем стада Христова". Однажды Василий играл под окном своего дома, и как раз в это время мимо окна полицейские вели каких-то арестованных бродяг. Оказалось, что это не бродяги, а отшельники, которые жили в лесных кельях, и к которым приходил народ за советом. Когда дело разъяснилось, этих отшельников отпустили. Василий захотел побывать в их кельях. Хижины были обставлены иконами и лампадами. Вся обстановка поразила мальчика, и он даже просил мать оставить его жить в лесу в такой келье. Тогда, вероятно, у мальчика впервые зародилась мысль стать монахом.
Мать Василия, конечно, не хотела, чтобы ее сын стал монахом. Она готовила его к женитьбе и торговым делам, ведь ее братья успешно занималась сбытом хлеба на ярмарках. Чтобы отбить у юноши желание уйти в монастырь, один из дядей мальчика отвез его в Бузулук в Спасо-Преображенский монастырь, находившийся в 40 верстах от Грачёвки. Дядя подговорил игумена содержать Василия как можно строже и в самых ужасных условиях. Итак, юношу поместили в темном чулане с крысами, кормили ужасной пищей. Как и предполагалось, Василий не выдержал такой жизни, и вскоре вернулся к матери. Однако от своей мечты о монашеской жизни он не отказался.
Еще пять лет юноша прожил с матерью. Дяди пытались приобщить его к торговле, но безуспешно. Однажды его послали с родственником на ярмарку, но вместо дел, он побрёл в ближайшую церковь и встал петь на клиросе во время обедни. Дядя потратил весь день на поиски пропавшего племянника, ничего не купил, и он был очень зол, когда, наконец, нашел Василия в церкви. В другой раз мать послала мальчика уже одного, чтобы он сам продал на ярмарке четыре воза зерна. Юноша, хотя и все продал, вырученные деньги раздал нищим. Мать и родственники были в недоумении, не знали, что и делать с Василием. На семейном совете, наконец, решили, что юношу как "непригодного" для дел члена семьи лучше отпустить, как он и хотел, в монастырь.
Василию было 14 лет, когда он поступил в ближайший Бузулукский Преображенский монастырь, тот самый, где когда-то его содержали в чулане с крысами. У Василия был прекрасный слух и способности к пению, поэтому он проходил послушание на клиросе. В монастыре его даже прозвали "Василием Сладкопевцем". При этом он трудился и на обычных работах: рубил дрова, носил воду, перевозил кирпичи для строительства колокольни. Вспоминая об этом начальном периоде своей монашеской жизни, уже будучи архимандритом можайского Лужецкого монастыря, о. Вениамин много лет спустя пожертвовал средства на устройство башенных часов на бузулукскую колокольню, которую когда-то сам же и строил.
В 1862 году настоятель Бузулукского монастыря благословил Василия совершить большое пешее паломничество по всем знаменитым монастырям России. Началось оно зимой после праздника Рождества. Пеший маршрут Василия был такой: Бузулук, Самара, Казань, Нижний Новгород, Владимир, Москва, Ярославль, Ростов, Петербург, Тихвин, Соловки, Валаам, Киев, Воронеж. Василий проходил в среднем по 60 верст в сутки. После возвращения он был пострижен с новым именем Вениамин.
В 1868 году Вениамин перевелся в Семиозёрскую пустынь Казанской епархии - очень далеко от родных ему мест. Там он принял священный сан, стал иеромонахом. С этого момента началась его деятельность по руководству монастырями. В 1877 году о. Вениамин в возрасте всего чуть больше 30 лет стал настоятелем Раифской пустыни той же Казанской епархии. Следующие 24 года он был настоятелем Раифского монастыря, и за это время привел его из крайне запущенного и убогого состояния к процветанию. Раифская обитель стала одним из образцовых монастырей в Казанской епархии.
В этот период о. Вениамин совершил еще одно длительное паломничество - на этот раз за пределы России. Он несколько месяцев провел в Палестине, на Афоне, Константинополе, наблюдая за укладом греческих монастырей. Затем он отправился в Италию, где посетил Бари, Неаполь и Рим. Из Рима он привез подарок местного кардинала - точную копию вериг апостола Петра. Эту реликвию он потом подарил в московских собор Василия Блаженного.
Может быть, о. Вениамин и остался бы в Раифской обители, если бы не проблемы со здоровьем. Раифский монастырь находился в сырой местности, и на протяжении многих лет Вениамин страдал малярией. Врачи велели ему переселиться в место с другим климатом. Вениамин даже рассматривал вариант обосноваться в Киеве. Его как раз приглашал к себе киевский митрополит Платон. Вениамин уже написал прошение о приеме в Киево-Печерскую лавру, однако на следующую ночь ему было видение. Во сне он увидел покойную мать Фёклу Никифоровну, которая строго постучала по столу пальцем и произнесла:
Куда ты переходишь? Говорю тебе, не смей переходить!
О. Вениамин не посмел ослушаться, он так и не отправил прошения в Киев. В 1901 году он ненадолго занял место настоятеля в Самарском Николаевском монастыре. А уже в 1904 году перевелся в Московскую епархию на последнее место своего служения - в можайский Лужецкий монастырь. Вновь его назначили в обитель, которая тогда находилась в упадке. В 1908 году отмечалось 500-летие Лужецкого монастыря, и архимандрит Вениамин сделал многое для восстановления монашеского уклада и внешнего благолепия храмов.
Стараниями архимандрита Вениамина была поставлена новая рака над мощами св. Ферапонта, перестроены и обновлены монашеские корпуса, проведен водопровод, расписан живописью древний Богородице-Рождественский собор, обновлены ризы икон и утварь. При монастыре была устроена церковно-приходская школа, учениками которой были в основном сироты. Был устроен дом трезвости в соседней Ильинской слободе.
В те года архимандриту Вениамину было уже более 60 лет. Сохранилось описание внешности последнего настоятеля Лужецкой обители:
Сквозь густые брови смотрят карие, умные глаза. Взгляд быстрый и проницательный. Он высокого роста, внушительно мощный... Лицо продолговатое... с продолговатым носом восточного типа, с умеренной с проседью бородой. Походка твердая, мерная и уверенная.
После революции Лужецкий монастырь был закрыт. Однако монашеская жизнь и службы в соборе негласно продолжались и в 1920-е годы. К концу 1920-х годов храмы монастыря окончательно закрыли. В 1940 году прямо у стен древней обители был открыт стадион. В "Московской правде" тогда с гордостью писали:
Бывшая монастырская роща превращается в парк культуры и отдыха; весной можайское спортивное общество "Большевик" открыло там стадион.
В 1960-е годы был отреставрирован главный Богородице-Рождественский собор, отремонтированы колокольня, башни и стены обители. При реставрации собора ему был возвращен облик, свойственный храмам XVI столетия. До этого первоначальный вид собора был искажен более поздними надстройками и переделками. В то же время в советские годы была полностью уничтожена Ферапонтовская церковь, поставленная над могилой основателя обители. От нее теперь остался только фундамент. В 1999 году мощи преподобного Ферапонта были обретены и перенесены в раку, которая находится теперь в Богородице-Рождественском соборе.