Когда я начала готовить эту статью, думала, что всё будет просто: расскажу, что и где живет. Но, изучив последние научные работы, я поняла, что сначала нужно разобраться в ценности секвенирования генома бактерий и его роли в практической работе врача.
Секвенирование: инновация или просто «расширенная ПЦР»?
Почему этот вопрос меня задел? Я даже писала об этом пост. Мне было принципиально важно определить место этого метода диагностики – понять, «с чем его едят». Где его место в диагностике? Как использовать научные данные, полученные в результате секвенирования? Как соотнести их с методами классической микробиологии и ПЦР? И главное – как это всё связано с кожей.
Когда я разговариваю с врачами, особенно с молодыми коллегами, первое, что я говорю: «Мы не лечим анализы». Мы всегда смотрим на больного и соотносим клиническую картину с данными лаборатории.
Работая целенаправленно с кожей, я увидела, что секвенирование выявляет удивительные микроорганизмы, которые в принципе не могут жить и размножаться на коже. Они могли попасть туда и умереть, но достичь высокого уровня обсемененности – нет, для этого нет условий. Их биология другая. И когда в процессе секвенирования находят таких «гостей» в разных биотопах кожи, возникает вопрос: как это трактовать? Считать ли их участниками патологического процесса или просто мёртвыми бактериями (которые, кстати, тоже имеют генетический материал и дают сигнал)?
Поэтому пока я решила присмотреться к этому методу и оценивать его, грубо говоря, как расширенную ПЦР, но не более того.
Для тех, кто говорит об инновациях и дешевизне: в микробиологии нет ничего дешёвого. Всё очень дорого – от банальных сред до высокого профессионализма врача-микробиолога, который проводит эти исследования.
Кто и где живет на нашей коже?
Теперь вернемся к коже и тому, как и где живут микроорганизмы.
Методом секвенирования установлено, что подавляющее большинство бактерий кожи представлено четырьмя типами: Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes и Proteobacteria. При этом в каждом типе обнаружены тысячи различных родов и видов.
Это отличная информация, но практическому врачу нужно понять – «сколько вешать в граммах». А именно: каких возбудителей учитывать и кого лечить.
Как я уже писала, на коже, как и в любом другом биотопе, микробиота представлена:
- Облигатными микробами, которые живут там постоянно. Им там комфортно: есть питательная среда, оптимальная температура и влажность.
- Факультативными микробами. Они могут не мешать, когда их немного. Резидентные формы выделяют ферменты и сигнальные пептиды, которые управляют процессами и поддерживают гармонию.
Топография кожи: сухие, влажные и сальные участки
Исследования демонстрируют разнообразие микробиоты в разных экологических нишах кожи.
- В сальных участках преобладают Propionibacteria и Staphylococci.
- Во влажных местах доминируют Corynebacteria, хотя также распространены Staphylococci.
- В сухих местах обнаруживается смешанная популяция бактерий с большей распространенностью β-Proteobacteria и Flavobacteriales.
Все эти наблюдения статистически значимы.
Сюрприз: микробы живут и в глубоких слоях кожи
До недавнего времени считалось, что бактерии обитают только на поверхности и в волосяных фолликулах. Однако recentние исследования показали, что их находят и в более глубоких слоях – дерме и подкожной жировой клетчатке, которые раньше считались стерильными.
Оказалось, что микробы распространяются внутрь дермы, что обеспечивает физический контакт между бактериями и различными клетками организма под базальной мембраной.
Не только бактерии: грибы и вирусы
Грибы – еще одна важная группа. Совокупность грибков кожи образует микобиом. Преобладающими являются липофильные дрожжи рода Malassezia, которые живут на сальных участках. Им тоже свойственно топографическое различие: например, на стопах относительно много грибков родов Aspergillus, Cryptococcus и Candida, и они считаются частью нормального микробиома этой зоны.
В целом количество грибков на коже минимально, но именно они чаще всего вовлекаются в дерматологические заболевания. Проблема изучения микобиома – в низкой численности грибов и ограниченном количестве эталонных методов по сравнению с бактериями. Не забываем, что с возрастом количество грибков на коже увеличивается. Есть еще и споровые микроорганизмы.
Кожный виром – еще одна область исследований. Известные вирусы кожи включают бактериофаги, папилломавирусы человека и полиомавирус клеток Меркеля. В отличие от бактерий и грибов, распространение вирусов специфично для конкретного человека, а не для анатомической ниши. Изучение вирома затруднено: вирусные геномы малы и их последовательности «теряются» на фоне более крупных бактериальных и грибковых ДНК в образцах.
О том, как микробиота кожи общается друг с другом и с клетками человека, поговорим в следующий раз.
Я не претендую на истину в последней инстанции и просто высказала свое мнение, встраивая в свой практический мир новые методы исследования.
Было полезно - ставьте лайк и подписывайтесь на мой канал Микробы рулят!