Обычно в положительном смысле.
Можно сказать про музыку, еду, место или опыт. "Coffee hits different in the morning" означает, что утренний кофе особенно хорош. Фраза подчеркивает, что в определенных условиях что-то воспринимается по-особенному.
Выражение стало популярным в социальных сетях для описания вещей, которые кажутся лучше в определенном контексте или настроении. Это способ сказать, что впечатления превзошли ожидания. Используйте когда хотите подчеркнуть особенность момента.
"Pizza after a workout just hits different."
"Пицца после тренировки – это что-то особенное."