8 сентября 1941 года началась блокада Ленинграда. Уже в октябре жители города ощутили острую нехватку продовольствия, а в ноябре в Ленинграде начался настоящий голод. Впереди город ждала суровая зима 1941/42 г., когда еще одним фактором роста смертности стал холод.
Прорыв кольца блокады произойдет лишь в начале 1943 г., а полное снятие блокады еще спустя год, 27 января 1944 г.
С начала войны часть студентов и преподавателей Военно-механического института добровольно ушли на фронт, многие студенты 4-5 курсов, аспиранты и преподаватели были направлены на предприятия оборонной промышленности. В 1942 году ВМИ был эвакуирован в город Молотов (ныне – г. Пермь). Там началось второе рождение института.
Однако первую блокадную зиму военмеховцы встретили в Ленинграде, что стало для них самым тяжелым испытанием. В этот период погибло от голода более сотни студентов и сотрудников института. В начале января 1942 г. в институте был организован стационар на 70 человек, куда направляли на 3-4 дня н