Созидался монастырский град стараниями тысяч тружеников. Имена большинства из них известны только Господу. Осознавая, что трудятся в святом месте и созидают святыню, люди не стремились ни к почестям, ни к богатству, а славы искали лишь Божией. Работали на совесть, помня слова пророка Иеремии: «Проклят человек, творящий дело Господне с небрежением» (Иер 48. 10). Искренне верующие люди во все времена трудились и трудятся с верою в то, что «дела их идут вслед за ними» (Откр 14. 13) и будут отмечены в вечности.
История не сохранила имен не только строителей, но и многих зодчих. Мы не знаем, под чьим руководством возводились Никольский и Филипповский храмы, колокольня, мельница, келейные корпуса и другие постройки. Зодчих известно немного. Среди них создатели Успенского Трапезного комплекса и, предположительно, Спасо-Преображенского собора новгородцы Игнатий Салка и Столыпа, архитекторы крепости «городовой мастер» из Вологды Иван Михайлов и постриженик Соловецкого монастыря монах Трифон (Кологривов) из поморского села Ненокса, а также архангельский губернский архитектор А. Шахларев, по проекту которого возводился Свято-Троицкий Зосимо-Савватиевский собор. Имена этих зодчих навечно вписаны в историю монастыря.
Каждое новое здание в монастыре возводилось по благословению и попечением его настоятелей.
Деревянный ансамбль монастыря возводился при игумене Ионе I (середина XV века). Святитель Филипп (1548–1566) начал каменное строительство. В годы его игуменства в обители появились Успенский трапезный комплекс, Спасо-Преображенский собор, Сушило, несколько каменных келейных корпусов. При преподобном Иакове, который руководил обителью с 1581 по 1597 годы, завершилось строительство Никольской церкви, возводилась крепость, началось строительство церкви Благовещения.
Игумен Исидор (1597–1604) завершил начатое своим предшественником строительство надвратной Благовещенской церкви, при нем устроены галерея-переход центрального двора и каменная мельница. Стараниями преподобного Маркелла, бывшего игуменом в 1639-1645 годах, возведена Портная (Чоботная) палата.
Гидротехнические сооружения
В течение веков на Соловках создавался уникальный комплекс гидротехнических сооружений.
Еще в середине XVI века, при игумене Филиппе, начала складываться система каналов, которая сегодня насчитывает 242 межозерных соединения, в том числе и систему судоходных каналов, протяженностью около 12 км, по строенную «по старым Филипповским протокам» в начале ХХ века под руководством монаха Иринарха (в миру Мишнев Иван Семенович, из крестьян Вологодской губернии), очень талантливого инженера-самоучки. Путешествие по каналам и озерам оставляет незабываемое впечатление. По замечанию одного паломника прошлых веков, «описывать здешние озера невозможно… в их красоте Бог явил величайшее из чудес своих». Всего на Соловецких островах более 500 озер.
При игумене Филиппе от моря валунной дамбой отделили небольшой залив, где были устроены садки, получившие название Филипповских. Они предназначались для содержания выловленной в море рыбы. Погода не всегда благоприятствовала рыбной ловле и монахи вынуждены были запасаться рыбой впрок. Эти садки с успехом использовались и в XIX веке.
В начале XVII века на территории монастыря была построена водяная мельница, которая работала на одном из трех каналов, идущих из Святого озера в море. Мельница много раз усовершенствовалась. Здание мельницы и в настоящее время сохраняет свой первоначальный облик. Это самая нарядная в монастыре хозяйственная постройка.