Крестообразную крипту обнаружили непосредственно перед апсидой. С восточной стороны расположена входная лестница. С византийских времен культурный слой значительно вырос, и крипта сейчас находится на 346 см ниже современного уровня пола мечети. Спуститься в крипту можно по десяти ступеням. Сама крипта представляет собой небольшое помещение, имеющее форму креста. Своды перекрывают три ветви его. Четвертая ветвь имеет прямоугольную форму и является входом с лестницы.
Высота склепа 208 см. Длина с востока на запад составляет 273 см, а с юга на север – 278 см. Восточная перекладина имеет ширину 94 см и длину 91 см. Северная перекладина шириной 90 см и длиной 94 см, западная перекладина имеет ширину 94 см и длину 91 см, а южная (поперечный пролет помещения) шириной 90 см и длиной 90 см. общая площадь склепа 4,22 кв.м.
В склепе хранились реликвии, но какие неизвестно.
Датируется склеп первым строительным периодом. Это подтверждается поднятием пола в IX веке примерно на 81 см. Склеп Харлопратейской церкви такой же, как и склеп Студийского монастыря, который построили тоже в V веке. В крипту монастыря входят тоже с востока, спускаясь по короткой лестнице. Склеп Студийского монастыря состоит из пересечения двух небольших коридоров с бочкообразными сводами и имеет крестообразную форму, как и в Халкопратии.
Следует обратить внимание на сохранившиеся фрески склепа Халкопратея. На стене изображены три желто-оранжевых латинских креста, каждый с удлиненной вертикальной перекладиной, на белой штукатуре, равномерно покрывающей стены склепа.
Первым кто уделил внимание распятию и символу креста был Святой Павел. По его мнению, крест является основным религиозным символом христианства.
За пять веков существования христианство сформировало основные черты византийской иконографии.
Крест начали использовать во всех сферах государственной и культурной жизни. Основными типами креста стали греческий и латинский. Но непосредственно с распятием Христа был связан только латинский крест.
В начале V века изменилось понимание креста. Его стали понимать не просто как символ, но и как живую материю, поскольку именно на крест пролилась кровь Христа.
Популярность изображения христианского креста возросла после использования его в Святой Софии. Кресты в «Святой Софии» и в крипте «Халкопратеи» очень похожи. Причем именно латинский крест является преобладающим изображением в Великой церкви.
Латинские кресты встречаются также и в других церквях этого периода. Например, большой крест в центре южного свода в южной конхе ротонды в Салониках.
Эти кресты имеют концы в форме капли, как и кресты Святой Софии, и изображение креста в крипте Халкопратеи.
В украшении и других элементов Святой Софии используются латинские кресты с концами в форме капли. Они украшают мраморные балюстрады, которые отделяют галереи от нефа.
«Халкопратеи» имела огромное значение, как важный христианский паломнический центр, где, хранилась важная реликвия Божией Матери.
Изображения в Халкопратее во время иконоборчества претерпели изменения. Они походили на изображения в церкви Успения Пресвятой Богородицы в Никее.
Существует история церкви Девы Халкопратеи, написанная священником церкви Святой Софии Илией. Он пишет, что церковь Девы Халкопратеи украшали фрески из жизни Христа. По рассказам Илии
Илия, священник церкви Святой Софии, написал историю церкви
(Lackner 1985, 835-860), которая, по его словам, была украшена циклом фресок из жизни Христа. Он рассказывает, что император Константин V (741-775) заменил эту фреску изображением с крестом. Позже иконофил патриарх Тарасий (784-806) восстановил изображения Хрита и Богородицы.
В крипте была не нарушена среда изображений, стиль крестов, которые не выставляли на всеобщее обозрение. Это говорит о то, что их надо датировать первым периодом строительства церкви и крипты в V веке.
В период иконоборчества неблагосклонное отношение к культу мощей, возможно, стало причиной того, что крипта оставалась неиспользованной.